Une amibe est un micro-organisme appartenant à divers groupes de cellules complexes eucaryotes. Dans l'usage du terme, amibe désigne en fait des organismes membres de nombreux groupes de protistes amiboïdes de différents taxons eucaryotes : Amoebozoa, Acanthamoeba, Rhizaria, Heterokonta, Excavata et Opisthokonta : il ne s'agit donc pas d'un groupe monophylétique mais polyphylétique. L'ancêtre commun à toutes les amibes est peut-être également l'ancêtre commun de tous les eucaryotes.