Naitō Kiyotsugu (内藤 清次, Naitō Kiyotsugu, 1577-1617) est un commandant militaire et un daimyo de la période Azuchi-Momoyama au début de la période Edo. Il était un vassal du clan Tokugawa. Il était la deuxième (ou la troisième) génération du clan Naitō du domaine de Takatō.