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WO2004093898A2 - Produit immunomodulateur obtenu a partir d'une culture de bifidobacterium et compositions le contenant - Google Patents

Produit immunomodulateur obtenu a partir d'une culture de bifidobacterium et compositions le contenant Download PDF

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Publication number
WO2004093898A2
WO2004093898A2 PCT/FR2004/000874 FR2004000874W WO2004093898A2 WO 2004093898 A2 WO2004093898 A2 WO 2004093898A2 FR 2004000874 W FR2004000874 W FR 2004000874W WO 2004093898 A2 WO2004093898 A2 WO 2004093898A2
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
product according
aqueous substrate
immunomodulatory product
immunomodulatory
bifidobacterium
Prior art date
Application number
PCT/FR2004/000874
Other languages
English (en)
Other versions
WO2004093898A3 (fr
Inventor
Valérie PETAY
Francis Lecroix
Emmanuel Perrin
Charles Gontier
Jean-Pierre Blareau
Marie-Bénédicte ROMOND
Elisabeth Singer
Marie-Françoise ODOU
Catherine Demailly-Mullie
Original Assignee
Compagnie Gervais Danone
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from FR0304746A external-priority patent/FR2857024A1/fr
Application filed by Compagnie Gervais Danone filed Critical Compagnie Gervais Danone
Priority to EP04742461A priority Critical patent/EP1615656B9/fr
Priority to DK04742461T priority patent/DK1615656T3/da
Priority to DE602004008051T priority patent/DE602004008051T2/de
Priority to PL04742461T priority patent/PL1615656T3/pl
Priority to US10/552,957 priority patent/US8197826B2/en
Priority to CA002522362A priority patent/CA2522362A1/fr
Publication of WO2004093898A2 publication Critical patent/WO2004093898A2/fr
Publication of WO2004093898A3 publication Critical patent/WO2004093898A3/fr

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Classifications

    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/164Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02Immunomodulators
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria

Definitions

  • the present invention relates to an immunomodulatory product obtained from a culture of Bifidobacterium, to its use, in particular as a drug or food ingredient, and pharmaceutical or food compositions containing it.
  • the genus Bifidobacterium belongs to the family Actinomycetaceae; it groups Gram-positive bacilli, strict anaerobes, fermenting glucose by the route of fructose 6-phosphate phosphoketolase. Their optimum growth pH is between 6 and 7, and their optimum growth temperature is between 37 and 46 ° C.
  • Bifidobacteria are part of the normal human intestinal flora and are known to have many health benefits.
  • breast-fed infants who have an intestinal flora in which bifidobacteria predominate, are more resistant to infection and have a lower risk of diarrhea than infants fed conventional industrial milk formulas.
  • the method of preparation described in this international application does not make it possible to prepare food products other than milk products and requires conditions of implementation which are binding from an industrial point of view, in particular the maintenance of aerobic cultivation conditions, maintaining the culture medium at osmotic pressure corresponding to 0.93 to 0.97 of water activity (AW), and maintaining the culture medium at a temperature between 40 and 48 ° C.
  • AW water activity
  • bacteria of the genus Bacteroides fragilis represent approximately 30 to 50% of the flora present in feces in humans. Their location is mainly at the colon (10 11 bacteria per gram of stool).
  • bacteria of the genus Bacteroides fragilis are responsible for 80% of anaerobic bacterial infections and are becoming more frequent because of their increasing resistance to antibiotic treatments. Their abnormal proliferation in the body can lead to:
  • abscesses abdominal, brain, liver, pelvic, lung, spleen
  • septicemia abdominal, brain, liver, pelvic, lung, spleen
  • diarrhea mainly in young children
  • endocarditis abdominal, brain, liver, pelvic, lung, spleen
  • Bifidobacterium comprising at least the brief Bifidobacterium strain 1-2219 in an aqueous substrate having a pH between about 6 and 8, and comprising at least the following ingredients: i) whey permeate, ii) a hydrolyzate of whey protein, iii) lactose,
  • the excluded fraction obtained by implementing the process according to the invention has immunomodulatory properties; it makes it possible in particular to stimulate the proliferation of Bifidobacterium and to reduce the population of Bacteroides fragilis within the intestinal flora.
  • the whey permeate entering the composition of the aqueous substrate may be in the form of a powder, obtained by ultrafiltration of whey, after drying (by spray or by any other drying technique), of the fraction liquid, demineralized or not, which crosses the membrane during ultrafiltration of whey.
  • hydrolysates of whey proteins that can be used in the context of the present invention can be obtained by the methods customarily used for the preparation of protein hydrolysates, in particular by enzymatic hydrolysis of whey proteins using proteases such as trypsin, chymotrypsin, etc.
  • proteases such as trypsin, chymotrypsin, etc.
  • Many serum protein concentrates or isolates as well as whey protein hydrolysates suitable for the practice of the invention are known per se and commercially available.
  • the aqueous substrate is preferably filtered on membranes, such as for example on polyethersulfone membranes, having a cutoff threshold of between 100 and 300 kDa, and then the autoclave permeate at a temperature of temperature of about 120 ° C for about 30 minutes so as to avoid any undesirable bacterial contamination of the culture medium.
  • membranes such as for example on polyethersulfone membranes, having a cutoff threshold of between 100 and 300 kDa
  • the pH of the aqueous substrate can be adjusted to the desired value using any alkalinizing agent conventionally used by those skilled in the art such as, for example, sodium hydroxide or potassium hydroxide.
  • the Bifidobacteriums are preferably seeded in the aqueous substrate at a concentration of 1 ⁇ 10 4 to 4 ⁇ 10 9 colony forming units (CFU) per ml of substrate.
  • This seeding can be carried out for example by adding to the aqueous substrate, in suitable proportions, a frozen concentrate of Bifidobacterium, or a preculture on medium allowing the growth of bifidobacteria.
  • the pH of the aqueous substrate is maintained at a value of between 6 and 8 approximately throughout the incubation period, and even more preferably between 6.5 and 7.5.
  • the maintenance of the pH is preferably carried out by continuous neutralization of the aqueous substrate with the aid of an alkalinizing agent as described above or with a dilute (preferably half) ammonia solution.
  • the temperature of the substrate is maintained at a value between 37 and 40 ° C for the duration of the incubation, which is generally between 10 and 20 hours.
  • the ingredients of the aqueous substrate are present in the following quantities: i) whey permeate: from about 3 to about 80 g and still more preferably from about 40 to 60 g, ii ) whey protein hydrolyzate: from 2 to 80 g and even more preferably from 5 to 15 g, iii) lactose: from 5 to 50 g and even more preferably from 10 to 30 g, these amounts being given by liter of said aqueous substrate.
  • the aqueous substrate may further comprise at least one additional ingredient selected from yeast extracts, buffer salts and cysteine hydrochloride.
  • the aqueous substrate comprises a buffer salt
  • it is preferably chosen from sodium dihydrogenphosphate and potassium dihydrogenphosphate and is then preferably from 0.5 to 5 g and even more preferably from 1.5 to 3 g approximately. per liter of aqueous substrate.
  • the aqueous substrate comprises a yeast extract
  • it then preferably represents from 0.5 to 5 g, and even more preferably from 1.5 to 3 g per liter of aqueous substrate.
  • the aqueous substrate comprises cysteine hydrochloride
  • it then preferably represents from 100 to 500 mg and even more preferably from approximately 200 to 400 mg per liter of aqueous substrate.
  • Bifidobacterium of the culture medium can be made for example by microfiltration or by centrifugation of the aqueous substrate. According to a preferred embodiment of the invention, the elimination of Bifidobacterium from the culture medium is carried out by centrifugation of the aqueous substrate, for example at a speed of 3000 g for a period of about 1 hour.
  • the method further comprises, after the step of eliminating Bifidobacterium, an additional step of destruction of the residual enzymatic activities contained in the aqueous substrate after incubation, for example by a heat treatment. of it at a temperature of about 75 ° C for about 3 minutes.
  • the ultrafiltration step of the aqueous substrate is preferably carried out on polyethersulfone membranes, at a temperature below about 60 ° C.
  • the concentrated retentate thus obtained is preferably washed several times, for example with deionized water before finally being reconcentrated before being dehydrated, for example by lyophilization.
  • the buffer used for the dissolution of the dehydrated retentate is preferably selected from buffers having a pH of between 6 and 8 such as for example the Tris buffer adjusted to the desired pH by addition of hydrochloric acid.
  • gels that can be used to perform exclusion chromatography are not critical from the moment that they have an exclusion threshold of 600 kDa.
  • a gel can be used in particular gels composed of dextran and crosslinked agarose such as the product sold under the trade name Superdex® 200 by the company Amersham Biosciences.
  • the excluded fraction recovered can then be dialyzed against distilled water and then possibly diluted so as to return to the initial concentration of the excluded fraction.
  • the excluded fraction constituting the immunomodulatory product can be used directly or frozen or lyophilized for preservation and subsequent use.
  • This excluded fraction essentially consists of a complex of polysaccharides and proteins in which the carbohydrate fraction represents from 5 to 30% by weight approximately, the protein fraction representing approximately 70 to 95% by weight relative to the total weight of said complex.
  • the carbohydrate fraction of the excluded fraction has the following monosaccharide composition (expressed in molar ratios with respect to rhamnose): galactose: 5.5 to 8; mannose: 0.8 to 1.3; glucose: 2.5 to 5;
  • N-acetylgalactosamine 0.3 to 1
  • N-acetyl glucosamine 0.07 to 0.3
  • neuraminic acid 0 to 0.15 and rhamnose: 1.
  • the protein fraction of the excluded fraction may comprise at least one peptide, obtained by trypsic hydrolysis, corresponding to at least one of the following sequences:
  • the invention also relates to the immunomodulatory product obtained according to the method described above as a drug, and in particular as an immunomodulatory drug.
  • Another subject of the invention is a pharmaceutical composition characterized in that it contains, as active ingredient, at least one immunomodulatory product obtained according to the method described above, and at least one pharmaceutically acceptable carrier.
  • pharmaceutically acceptable is meant any carrier which while retaining the immunomodulatory product obtained according to the process according to the invention its properties, particularly its immunomodulatory properties, allows to convey said product.
  • the pharmaceutical composition according to the invention can be in any desired dosage form for oral administration to humans or animals, for example in liquid form for a syrup or a solution, a spray, or in the form solid, for example a powder, a tablet, a capsule, a capsule, a powder spray, in their various forms, immediate or programmed release, a gum, a paste, granules, or in any other form suitable for administration by oral route.
  • the immunomodulatory product obtained according to the method according to the invention can also be incorporated, as an ingredient, into food compositions.
  • the invention also relates to a food composition characterized in that it contains, as an ingredient, at least one immunomodulatory product obtained by the process according to the invention.
  • Such food compositions may be intended for human or animal nutrition and may in particular be in the form of a milk-based or non-fermented or fermented preparation, of animal or vegetable origin, including in particular infantile or adult formulas and seniors, and in particular in the form of an infant formula, liquid or powdered milk, fresh products, cereals, biscuits (fodder), small pots, desserts, etc., or in the form of products food or dietary products for adults, including hospital products, or nutritional supplements.
  • the present invention will be better understood with the aid of the additional description which follows, which refers to examples of the preparation of the product.
  • immunomodulator according to the invention, and the appended figures in which:
  • FIG. 1 represents the chromatogram obtained after injection on a column packed with a Superdex® 200 gel of a culture medium fermented for 15 hours by the strain.
  • FIG. 2 compares the chromatograms obtained after injection on a column packed with a Superdex® 200 gel of a culture medium fermented with the brief Bifidobacterium strain.
  • CNCM 1-2219 or by the strain B.
  • CFPL Collection of the Faculty of Pharmacy of Lille
  • C7 absorbance in millivolts as a function of the time elapsed in minutes
  • FIG. 3 represents an enlargement of FIG. 2.
  • a culture medium containing the following ingredients is prepared:
  • the culture medium is ultrafiltered on Centramate® cassettes sold by the company PALL, provided with polyethersulfone membranes having a cutoff threshold of 200 kDa and the permeate is autoclaved for 30 minutes at 120 ° C.
  • the pH of the culture medium is then adjusted to a value of 6.5 using a solution of dilute ammonia a quarter.
  • the culture medium is then inoculated with the bifidobacteria at a rate of 6% o (v / v) of a frozen concentrate of the short-lived Bifidobacterium strain.
  • CNCM 1-2219 containing 5.10 10 CFU of bifidobacteria per ml of frozen concentrate.
  • the initial population of bacteria is 3.10 CFU of bifidobacteria per ml of culture centre. Bifidobacteria are grown anaerobically at 37-40 ° C. During the culture, the pH of the culture medium is regulated at 6.5 by means of a solution of ammonia diluted a quarter. The culture time is 15 hours, and the population of Bifidobacterium at the end of culture is about 2.10 7 CFU per ml of culture medium.
  • the bacteria are removed from the fermented culture medium by centrifugation for 1 hour at 3000 g. Residual enzymatic activities contained in the centrifugation supernatant are destroyed by a heat treatment of 3 minutes at 75 ° C.
  • the supernatant is ultrafiltered on Centramate® cassettes sold by the company PALL, provided with polyethersulfone membranes having a cut-off of 300 kDa at a temperature of approximately 40 ° C. It is thus concentrated 3 times, then washed 3 times with deionized water. During the last washing, a concentration of 7 times of the portion retained by the membrane is carried out. This gives a concentrate called retentate.
  • the retentate is dehydrated by freeze-drying and then taken up in Tris-NaCl buffer at pH 8.
  • composition of the retentate is studied by exclusion chromatography. To do this, 25 .mu.l of retentate are injected at a rate of 0.6 ml per minute over a column of Superdex® 200 gel sold by the company Amersham Biosciences and having an exclusion threshold of 600 kDa, coupled to a detector UN at diode array (200-300 nm). Signal integration is carried out using KromaSystem® 2000 software sold by Kontron Instruments. Two fractions are thus separated: a fraction excluded from the gel is eluted after 12.5 minutes from the injection and a filtered fraction is eluted from 16 to 32 minutes from the injection.
  • FIG. 1 represents the absorbance (in millivolts) as a function of the elapsed time (in minutes) since the injection of the retentate on the column.
  • FIGS. 2 and 3 represent the chromatograms obtained after analysis of a retentate resulting from a culture carried out as described previously and of a retentate resulting from a culture carried out under the same conditions but with a different strain of bifidobacteria (B. brief CFPL C7).
  • FIG. 2 represents the absorbance (in millivolts) as a function of the time elapsed (in minutes) since the injection on the column of the retentates corresponding to the two cultures carried out respectively with strain B.
  • FIG. 3 which represents an enlargement of FIG. 2, shows that it is necessary to considerably enlarge the absorbance scale of FIG. 2 to reveal the excluded fraction and the filtered fraction of the retentate corresponding to the culture performed with strain B. CFPL brief C7.
  • a filtered fraction of molecular weight between 200 and 600 kDa (retention time of 187 to 370 minutes +/- 10%).
  • the excluded fraction or active part is dialyzed against distilled water and then diluted so as to return to the concentration of the retentate.
  • This fraction can then be stored frozen or freeze-dried.
  • the filtered fraction can also be stored in the same way.
  • the results obtained show that the majority of the sugars is in the fraction not retained on the gel (> 10 kDa) and migrates soon after thin layer chromatography.
  • the carbohydrate portion of the excluded fraction therefore constitutes a polysaccharide with a molar mass greater than 10 kDa.
  • the carbohydrate portion of the excluded fraction represents about 15 to 20% by weight thereof.
  • the molar composition of the carbohydrate moiety of the active portion is determined by gas chromatography after methanolysis using a mixture of 0.5 M hydrochloric acid and methanol for 24 hours at 80 ° C.
  • Example 1 Two samples of the excluded fraction (Samples 1 and 2 CNCM 1-2219: respectively E1 and E2), from two different tests carried out according to Example 1, are analyzed.
  • the same analyzes were carried out on a sample where the brief Bifidobacterium strain CNCM 1-2219 was replaced by the Bifidobacterium brief strain CFPL C7 (Sample C7) cultivated under the same conditions, as well as on a sample where the Brief Bifidobacterium strain CNCM I-2219 was cultured on a lactose medium not in accordance with the invention (lactose medium sample: ML) of following composition:
  • samples E1 and E2 contain more galactose and N-acetyl galactosamine than sample ML and less mannose than sample ML.
  • the protein fraction of the active portion represents about 80 to 85% by weight thereof.
  • Sequencing of the protein part of the active part is carried out after a proteolysis step using a 1% trypsin solution in a 0.1 M Tris buffer at pH 8.5, as described in the article Rosenfeld J et al., Analytical Biochemistry, 1992, 203, 173-179.
  • the peptides are purified by reverse phase HPLC on an Ultrasphere® ODS (octadecylsilane) column with a diameter of 2 mm and a length of 200 mm sold by Beckmann. Elution is performed by a linear gradient of acetonitrile in a 0.1% trifluoroacetic acid solution.
  • the isolated peptides are sequenced (according to the method described in the article by Rosenfeld J. et al., Cited above) on a Procise 492 reference apparatus sold by Perkin-Elmer.
  • GenBank CDS translation PDB (Protein Data Bank), SwissProt, Protein Information Resource (PRP), PRF (Protein Research Foundation), using the BLAST 2.2 program (Basic Local Alignment Search Tool) by NCBI
  • the protein fraction of the active part consists mainly of peptides of the dairy medium (lactoferrin, beta-lactoglobulin, Serum albumin ...), of a part which has a good homology (60% minimum) with a Bifidobacterium longum protein sequence (RELGIGTPSFLHNGGQWYIYA (SEQ ID NO: 1), and a part for which it has not been possible to determine significant homology with known sequences and having the following sequences: - RNLYNPGQYXYVR ( SEQ ID No. 2)
  • mice which are second-generation mice of an axenic animal line, to which is implanted an adult human intestinal flora (from the CDTA, Animal Distribution, Typing & Archiving Center, CNRS, Louis, France).
  • the mice are kept in insulators to avoid any modification of their new intestinal flora.
  • the mice are 8-10 weeks old.
  • An adaptation time of at least 2 weeks is left to the mice after reception to remove any stress due to transport and to acclimatize to their new environment.
  • mice have sterile water as a drink.
  • the food used as a food base is a standard diet of irradiated sterilized RO3 granules sold by the company UAR, containing 25% protein, 49.8% carbohydrate, 5% fat and 4% fat. % cellulose.
  • the water of the baby bottles is replaced by the different products to be tested, that is to say the filtered fraction, and the excluded fraction, at a rate of 6 ml per day and per mouse.
  • a daily change of the bottles is made to avoid any change in the composition of the test products by bacterial proliferation. Feces are collected for analysis before treatment (T0), and the 7 th, 15 th and 21 th day during the administration of the product (T7, T15 and T21).
  • Each product is tested on a batch of at least 6 mice and the evolution of bacteria Bifidobacterium and Bacteroides fi-agilis in the intestinal flora of the mice is followed.
  • the stool samples are taken from sterile haemolysis tubes and are weighed aseptically and then diluted to a quarter-distilled Ringer's prereduced solution and supplemented with cysteine hydrochloride (0.3 g / l), so that tenth dilutions from 10 "1 to 10 " 4 .
  • the content is finally deposited at a rate of 100 ⁇ l per dish, on different culture media contained in petri dishes:
  • Beerens medium (Be) (composed of 35 g / l of Columbia agar base, 5 g / l of glucose, 0.3 g / l of cysteine hydrochloride, 0.5% of propionic acid and adjusted to pH 5 ) for the detection and enumeration of Bifidobacterium, after plating of dilutions ranging from 10 "1 to 10 ⁇ 4 ; - Medium Bacteroides Bile Esculin (BBE) (composed of 37 g / 1 tryptone, 32 g / 1 Bile Esculin Agar (DIFCO), 0.5 g / l esculin, 0.5 g / l ammoniac iron citrate, 0.2% 5 mg / ml hemine solution, 0.25% solution of gentamicin 40 mg / ml and 10 g / l agar; adjusted to pH 7 and autoclaved for 15 minutes at 120 ° C) for the detection and enumeration of
  • the spreading is carried out using sterile glass beads on the indicated media and the reading of the media is carried out after 5-7 days of incubation in anaerobiosis at 37 ° C.
  • the identification of the bacteria is carried out on the one hand after description of the colonies obtained on each of the media and on the other hand by means of a Gram stain.
  • Bifidobacterium but only the excluded fraction is effective to cause a decrease in the population of Bacteroides fragilis within the intestinal flora of mice.
  • mice of C3H line with adult human flora (breeding at CDTA-CNRS, Louis, France). During the entire adaptation period and until the beginning of the experiment, these mice have sterile water as a drink.
  • mice will be fed with radiation-sterilized RO3 granules.
  • mice receiving for the duration of the experiment the fraction excluded from the metabolites of Bifidobacterium brief CNCM 1-2219 at the place baby water at 8-10 ml per day and per mouse while two other groups of 12 and 23 mice will receive the filtered fraction respectively or continue to receive sterile water (control group).
  • a sample is taken from feces as described above and the mice were sacrificed to perform a bacteriological study. Two types of data are obtained from the analysis of organs of sacrificed mice:
  • target organ translocation ie the evaluation of the number of mice with the contaminated target organ and the percentage of the population presenting a contamination of the target organ.
  • - bacterial spread ie the intensity of bacterial spread represented by the number of positive organs as well as the number of mice and the percentage of the population with a scattering of a given intensity.
  • the animal is removed from the isolator, transferred under aseptic conditions under a laminar flow hood, and sacrificed by inhalation of chloroform.
  • the skin is decontaminated with alcohol at 70 °, then on each mouse the organs are removed aseptically in the following order: blood of the heart, lung, liver, spleen and kidney.
  • a fraction of each organ is suspended in 9 ml of a Ringer's solution (diluted to a quarter, supplemented with cysteine hydrochloride (0.3 g / l) and regenerated in boiling water during 15 minutes).
  • the organs are then ground using a disposable Pasteur sterile pipette "Pastette®" sold by the company NWR or "Liquipette®” sold by the company Gosselin.
  • mice with less than one infected organ are higher in the population for which drinking water was substituted for the excluded fraction than in the control population of mice given water as a drink.
  • the number of mice with at least three contaminated organs is lower in the population for which drinking water has been substituted for the excluded fraction than in the control population of mice given water as a drink.
  • galectins-1 and -3 The measurement of the expression of galectins-1 and -3 is carried out on adult human flora mice described above. At the age of 12-14 weeks, beginning of the experiment, two groups of mice, one group of mice, which will receive the excluded fraction containing the short-lived Bifidobacterium metabolites for the duration of the experiment.
  • CNCM 1-2219 instead of baby bottles, at a rate of 10 ml per day and per mouse while another group of mice will continue to receive water (control group).
  • the 7 th, 15 th and 21 th days a batch of mice is sacrificed to achieve a biological study on the expression of galectin-1 and -3, as assessed by the assay mRNA encoding these galectins by RT-PCR Quantitative (Polymerase Chain Reaction).
  • the organs from the group of control mice sacrificed at the 7 th, 15 th and 21 th day were collected by member to form a pool serving as control for the duration of the experiment.
  • the modification of the expression of galectins-1 and -3 in the organs tested constitutes an indicator of the effect of the metabolites produced by the brief Bifidobacterium strain CNCM 1-2219 contained in the excluded fraction.
  • Galectin-1 and -3 are assayed in the spleen and lungs of mice sacrificed as previously described.
  • a lung fraction (a lobe) and half of the spleen are removed sterilely and in this order on each mouse.
  • the fragments are then deposited in Petri dishes pretreated for 24 hours with a sterile solution of water and DEPC (Diethyl PyroCarbonate, sold by Sigma) at 1/1000.
  • the organs are then perfused a first time with PBS buffer using a syringe and a sterile needle to remove blood.
  • the organs are then transferred to another petri dish containing 200 microliters of PBS supplemented with 50 units of RNase inhibitor (sold by Applied Biosystems) and are again perfused with this solution.
  • the organs are finally cut into slices of less than 5 mm which are deposited in a Biopur® tube (Eppendorf) containing 0.5 ml of an RNA stabilization solution, sold under the reference RNALater® by the company Qiagen. The organs are then stored in the freezer at -20 ° C until analysis. a) Extraction of the Total RNAs from the Extracted Organ The total RNA is extracted from the tissues after cell lysis according to the protocol of use of the extraction kit RNeasy protect® sold under the reference 74126 by the company Qiagen.
  • the stabilizing solution is removed and a DEPC-treated tungsten bead and 600 microliters of lysis solution (RLT buffer contained in the kit) are added to each organ. They are then milled using a RETSCH MM2000 mill and centrifuged at 13000 g for 3 minutes at 4 ° C. The supernatant is then placed in a 1.5 ml tube containing 600 microliters of 70% ethanol and then homogenized. A part of this solution (700 microliters) is then deposited on a filtration column which makes it possible to hang the RNA, to be centrifuged at 8000 g for 1 minute at 4 ° C.
  • washing buffer buffer RW1 contained in the kit
  • buffer RW1 contained in the kit
  • 500 microliters of a second wash buffer containing 70% ethanol RPE buffer contained in the kit
  • RPE buffer contained in the kit
  • This last step is repeated but by centrifugation at 13,000 g for 2 minutes at 4 ° C.
  • 30 microliters of an elution buffer making it possible to unhook the RNA from the column RNase free buffer contained in the kit
  • the eluate is then centrifuged at 8000 g for 1 minute at 4 ° C after being incubated at room temperature for 5 minutes.
  • the elution step is again performed and the samples thus obtained are frozen rapidly at -80 ° C.
  • An amount equivalent to one unit of DNase, sold by Boehringer, is added to each sample which is then incubated on a 37 ° C waterbath for 15 minutes.
  • RNA of the samples are diluted 1/8 in sterile water which is placed in a microcuvette allowing the reading of the absorbance at 260 nm on a spectrophotometer Genquant reference, sold by the company Pharmacia.
  • OD optical density
  • the reaction mixture is subjected to the following program: 10 minutes at 65 ° C to remove the secondary structures of the AR ⁇ s, 30 minutes at 42 ° C to activate the reverse transcriptase, 10 minutes at 95 ° C to activate the polymerase, 15 seconds at 95 ° C. ° C to denature the DNA strands and 1 minute at 61 ° C for hybridization and elongation from the primers. Forty cycles are done for the last two stages.
  • the expression of galectins-1 and -3 is evaluated with respect to the expression of a reference gene, such as that encoding ⁇ -actin whose expression is constant.
  • Antisense 5'-GGG ATG TT GCT CCA ACC AAC-3 '(SEQ ID No. 11)
  • a calibrator is prepared from organs from a batch of 6 human flora-treated C3H mice fed a standard diet (sterile water and RO3 granules) on which the lungs and spleen were taken.
  • the total RNAs of each organ were extracted using the previously described protocol for the organs of the lots of mice to be tested.
  • the different extracts thus obtained are then collected for each organ in order to constitute a pool serving as a calibrator throughout the duration of the analysis.
  • galectin-1 induction of cell apoptosis, in particular activated T cells
  • the expression of galectin-1 is twice as high as that of actin, which seems to be related to contamination.
  • galectin-1 is normalized after 7 days of taking the excluded fraction, then increases by a factor of 4 to 10 respectively at 15 and 21 days of intake (independently of the residual bacterial contamination of the organ) .
  • the relative expression of galectin-1 is normal in the control mice and the small but significant decrease after 7 days of intake of the excluded fraction is followed by an increase (transiently significant at 15 days of intake) then normalization of the expression of galectin-1 after 21 days of taking the excluded fraction.

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Abstract

La présente invention est relative à un produit immunomodulateur obtenu à partir d'une culture de Bifidobacterium, à son utilisation, notamment à titre de médicament ou d'ingrédient alimentaire, ainsi qu'aux compositions pharmaceutiques ou alimentaires le contenant.

Description

PRODUIT IMMUNOMODULATEUR OBTENU À PARTIR D'UNE CULTURE DE BIFIDOBACTERIUM ET COMPOSITIONS LE CONTENANT
La présente Invention est relative à un produit immunomodulateur obtenu à partir d'une culture de Bifidobacterium, à son utilisation, notamment à titre de médicament ou d'ingrédient alimentaire, ainsi qu'aux compositions pharmaceutiques ou alimentaires le contenant.
Le genre Bifidobacterium fait partie de la famille des Actinomycetaceae ; il regroupe des bacilles à Gram positif, anaérobies stricts, fermentant le glucose par la voie de la fructose 6-phosphate phosphocétolase. Leur pH optimal de croissance est compris entre 6 et 7, et leur température optimale de croissance est comprise entre 37 et 46°C.
Les bifidobactéries font partie de la flore intestinale humaine normale, et on leur reconnaît de nombreux effets bénéfiques pour la santé. Il est notamment connu que les nourrissons alimentés au sein, qui possèdent une flore intestinale dans laquelle les bifidobactéries prédominent, résistent mieux aux infections et présentent notamment un risque de diarrhée plus faible que les nourrissons nourris avec des préparations lactées industrielles classiques.
Le rôle des bifidobactéries dans cette résistance accrue aux infections n'a pas été complètement élucidé. Différentes études indiquent qu'elles possèdent un pouvoir immunomodulateur qui impliquerait des substances polysaccharidiques associées à la paroi bactérienne, ou sécrétées par les bactéries au cours de la fermentation anaérobie. Gomez et al., (FEMS Microbiol. Lett., 1988, 56, 47-52) décrivent l'effet immunomodulateur de fractions exocellulaires riches en polysaccharides produites par Bifidobacterium adolescentis ; la demande de brevet FR 2 652 590 décrit un exopolymère immunopotentiateur de nature polysaccharidique produit par une souche du continuum Bifidobacterium infantis longum ; Honoso et al. (Biosci. Biotech. Biochem., 1997, 61, 312-316 et Bioscience Microflora, 1998, 17, 97- 104) décrivent des polysaccharides immunopotentiateurs produits par différentes espèces de Bifidobacterium. L'action immunomodulatrice des bifidobactéries se manifeste également par la régulation de la microflore intestinale, en particulier au détriment du développement d'espèces bactériennes pathogène. Romond et al. (Anaerobe, 1997, 3, 137-143 et J. Dairy Sci., 1998, 81, 1229-1235) décrivent ainsi des fractions riches en glycoprotéines, produites par Bifidobacterium brève en conditions de fermentation anaérobie, et induisent in vivo un effet régulateur de la microflore intestinale.
On trouve ainsi sur le marché de nombreux produits fermentes par des bifidobactéries, éventuellement associées à d'autres bactéries lactiques, et dont l'ingestion permet de bénéficier des effets immunomodulateurs des bifidobactéries et de leurs produits de fermentation.
Cependant, et dans le cas particulier de l'alimentation infantile, ceux-ci présentent l'inconvénient d'être trop acides et de présenter, notamment dans le cas des produits en poudre, un aspect non-homogène après reconstitution, du fait de la coagulation des protéines du lait par l'acidité générée lors de la fermentation. Ils sont donc parfois mal acceptés par l'enfant et par la mère.
Afin de remédier à ces inconvénients, il a déjà été proposé dans la demande internationale WO 01/01785, un procédé de préparation d'un produit lacté immunostimulant par bioconversion, sans fermentation et donc sans acidification du produit final, d'un substrat laitier à l'aide de bifidobactéries, et en particulier de la souche Bifidobacterium brève, déposée selon le Traité de Budapest, le 31 mai 1999, sous le numéro 1-2219 auprès de la CNCM (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes) tenue par l'Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, à Paris. Cependant, le procédé de préparation décrit dans cette demande internationale ne permet pas de préparer des produits alimentaires autres que des produits lactés et nécessite des conditions de mise en oeuvre contraignantes d'un point de vue industriel, notamment le maintien de conditions de culture aérobies, le maintien du milieu de culture à une pression osmotique correspondant à 0,93 à 0,97 d'activité de l'eau (AW), et ou le maintien du milieu de culture à une température comprise entre 40 et 48°C.
Par ailleurs, les bactéries du genre Bacteroides fragilis représentent environ de 30 à 50 % de la flore présente dans les matières fécales chez l'homme. Leur localisation est majoritairement au niveau du colon (1011 bactéries par gramme de selles). Cependant, en cas de prolifération anormale, les bactéries du genre Bacteroides fragilis sont responsables de 80 % des infections bactériennes anaérobies et sont de plus en plus fréquentes du fait de leur résistance croissante aux traitements antibiotiques. Leur prolifération anormale dans l'organisme peut entraîner :
- la formation d'abcès (abdominal, du cerveau, du foie, pelvien, poumon, rate), - des septicémies, des diarrhées, principalement chez les jeunes enfants, des endocardites,
- des péritonites, des pneumonies, notamment nécrosantes. Un taux de mortalité de 60 % en cas d'absence de traitement des infections à Bacteroides fragilis a été reporté.
Il peut donc être intéressant de pouvoir disposer d'un produit permettant de contrôler la prolifération de Bacteroides fragilis.
C'est donc afin de remédier à l'ensemble des inconvénients que présentent les produits décrits dans l'art antérieur et de pourvoir à un produit immunomodulateur pouvant être incorporé dans tout type de produit alimentaire ou être utilisé pour la préparation de compositions pharmaceutiques immunomodulatrices, que les Inventeurs ont mis au point ce qui fait l'objet de l'Invention. Les Inventeurs se sont également donné pour but de pourvoir à une composition alimentaire ou pharmaceutique ayant un effet régulateur de la microflore intestinale, en particulier au détriment du développement d'espèces bactériennes pathogènes, notamment Bacteroides fragilis.
La présente Invention a donc pour premier objet un produit immunomodulateur caractérisé par le fait qu'il est obtenu selon un procédé de préparation comprenant les étapes suivantes :
- l'ensemencement et l'incubation, en conditions aérobies ou anaérobies, préférentiellement anaérobies, et à une température comprise entre 30 et 40°C environ, de Bifidobacterium comprenant au moins la souche Bifidobacterium brève 1-2219 dans un substrat aqueux présentant un pH compris entre 6 et 8 environ, et comprenant au moins les ingrédients suivants : i) du perméat de lactosérum, ii) un hydrolysat de protéines de lactosérum, iii) du lactose,
- l'élimination des Bifidobacterium du substrat aqueux ;
- l'ultrafiltration du substrat aqueux sur des membranes de filtration ayant un seuil de coupure compris entre 100 et 300 kDa pour obtenir un rétentat concentré ;
- la déshydratation du rétentat concentré, de préférence par lyophilisation ;
- la mise en solution du rétentat déshydraté dans un tampon ; - la chromatographie d'exclusion sur gel sur colonne présentant un seuil d'exclusion de 600 kDa de la solution du rétentat ;
- la récupération de la fraction exclue à l'issue de la chromatographie qui constitue le produit immunomodulateur.
La fraction exclue obtenue en mettant en œuvre le procédé conforme à l'Invention présente des propriétés immunomodulatrices ; elle permet en particulier de stimuler la prolifération des Bifidobacterium et de diminuer la population en Bacteroides fragilis au sein de la flore intestinale.
Selon l'Invention, le perméat de lactosérum entrant dans la composition du substrat aqueux peut se présenter sous la forme d'une poudre, obtenue par ultrafiltration de lactosérum, après séchage (par spray ou par toute autre technique de séchage), de la fraction liquide, déminéralisée ou non, qui franchit la membrane lors de l'ultrafiltration du lactosérum.
Les hydrolysats de protéines de lactosérum utilisables dans le cadre de la présente Invention, peuvent être obtenus par les méthodes habituellement utilisées pour la préparation des hydrolysats de protéines, notamment par hydrolyse enzymatique des protéines de lactosérum à l'aide de protéases telles que la trypsine, la chymotrypsine, etc.. De nombreux concentrés ou isolats de protéines sériques de même que des hydrolysats de protéines de lactosérum, convenant pour la mise en œuvre de l'Invention sont connus en eux-mêmes et disponibles dans le commerce. Avant son utilisation, le substrat aqueux est de préférence filtré sur membranes, telles que par exemple sur des membranes en polyéthersulfone, ayant un seuil de coupure compris entre 100 et 300 kDa, puis le perméat autoclave à une température d'environ 120°C pendant environ 30 minutes de façon à éviter toute contamination bactérienne indésirable du milieu culture.
Avant emploi, le pH du substrat aqueux peut être ajusté à la valeur désirée à l'aide de tout agent alcalinisant classiquement utilisé par l'homme du métier tel que par exemple la soude ou la potasse.
Les Bifidobacterium sont, de préférence, ensemencés dans le substrat aqueux à raison de 1.104 à 4.109 unités formant colonies (UFC) par ml de substrat. Cet ensemencement peut s'effectuer par exemple par addition au substrat aqueux, dans des proportions adaptées, d'un concentré congelé de Bifidobacterium, ou d'une pré culture sur milieu permettant la croissance de bifidobactéries.
Selon une forme de réalisation préférée de l'Invention, le pH du substrat aqueux est maintenu à une valeur comprise entre 6 et 8 environ pendant toute la période d'incubation, et encore plus préférentiellement entre 6,5 et 7,5. Le maintien du pH est de préférence réalisé par une neutralisation en continu du substrat aqueux à l'aide d'un agent alcalinisant tel que décrit précédemment ou par une solution d'ammoniaque diluée (de préférence au demi).
Selon une forme de réalisation préférée de l'Invention, la température du substrat est maintenue à une valeur comprise entre 37 et 40°C environ pendant toute la durée de l'incubation, celle-ci étant généralement comprise entre 10 et 20 heures.
Selon une forme de réalisation préférée du procédé conforme à l'Invention, les ingrédients du substrat aqueux sont présents dans les quantités suivantes : i) perméat de lactosérum : de 3 à 80 g environ et encore plus préférentiellement de 40 à 60 g environ, ii) hydrolysat de protéines de lactosérum : de 2 à 80 g environ et encore plus préférentiellement de 5 à 15 g environ, iii) lactose : de 5 à 50 g environ et encore plus préférentiellement de 10 à 30 g environ, ces quantités étant données par litre dudit substrat aqueux. Selon une forme de réalisation particulière de l'Invention, le substrat aqueux peut comprendre en outre au moins un ingrédient additionnel choisi parmi les extraits de levure, les sels tampon et le chlorhydrate de cystéine.
Lorsque le substrat aqueux comprend un sel tampon, celui-ci est préférentiellement choisi parmi le dihydrogénophosphate de sodium et le dihydrogénophosphate de potassium et représente alors de préférence de 0,5 à 5 g environ et encore plus préférentiellement de 1,5 à 3 g environ par litre de substrat aqueux.
Lorsque le substrat aqueux comprend un extrait de levure, celui-ci représente alors de préférence de 0,5 à 5 g environ, et encore plus préférentiellement de 1,5 à 3 g environ par litre de substrat aqueux.
Lorsque le substrat aqueux comprend du chlorhydrate de cystéine, celui-ci représente alors de préférence de 100 à 500 mg environ et encore plus préférentiellement de 200 à 400 mg environ par litre de substrat aqueux. A la fin de la période d'incubation, l'élimination des
Bifidobacterium du milieu de culture peut être réalisée par exemple par microfiltration ou par centrifugation du substrat aqueux. Selon une forme de réalisation préférée de l'Invention, l'élimination des Bifidobacterium du milieu de culture est réalisée par centrifugation du substrat aqueux, par exemple à une vitesse de 3000 g pendant une durée d'environ 1 heure.
Selon une forme de réalisation préférée de l'Invention, le procédé comporte en outre, après l'étape d'élimination des Bifidobacterium, une étape supplémentaire de destruction des activités enzymatiques résiduelles contenues dans le substrat aqueux après incubation, par exemple par un traitement thermique de celui- ci à une température d'environ 75 °C pendant environ 3 minutes.
L'étape d'ultrafiltration du substrat aqueux est de préférence réalisée sur des membranes en polyéthersulfone, à une température inférieure à 60°C environ.
A la fin de l'étape d'ultrafiltration, le rétentat concentré ainsi obtenu est de préférence lavé plusieurs fois, par exemple à l'eau permutée avant d'être finalement reconcentré avant d'être déshydraté par exemple par lyophilisation. Le tampon utilisé pour la mise en solution du rétentat déshydraté est de préférence choisi parmi les tampons présentant un pH compris entre 6 et 8 tels que par exemple le tampon Tris ajusté au pH voulu par ajout d'acide chlorhydrique.
La nature des gels utilisables pour réaliser la chromatographie d'exclusion n'est pas critique à partir du moment que ceux-ci présentent un seuil d'exclusion de 600 kDa. A titre de gel on peut notamment utiliser les gels composés de dextrane et d'agarose réticulé tels que le produit vendu sous la dénomination commerciale Superdex® 200 par la société Amersham Biosciences.
Lorsque la chromatographie est terminée, la fraction exclue récupérée peut ensuite être dialysee contre de l'eau distillée puis éventuellement diluée de façon à revenir à la concentration initiale de la fraction exclue.
Enfin, la fraction exclue constituant le produit immunomodulateur peut être utilisée directement ou congelée ou lyophilisée pour conservation et utilisation ultérieure. Cette fraction exclue est essentiellement constituée d'un complexe de polysaccharides et de protéines dans lequel la fraction glucidique représente de 5 à 30 % en poids environ, la fraction protéique représentant environ de 70 à 95 % en poids par rapport au poids total dudit complexe.
Selon l'Invention, la fraction glucidique de la fraction exclue présente la composition en monosaccharides suivante (exprimée en rapports molaires par rapport au rhamnose) : galactose : 5,5 à 8 ; mannose : 0,8 à 1,3 ; glucose : 2,5 à 5 ;
N-acétyl galactosamine : 0,3 à 1 ; N-acétyl glucosamine : 0,07 à 0,3 ; acide neuraminique 0 à 0,15 et rhamnose : 1.
Selon l'Invention, la fraction protéique de la fraction exclue peut comprendre au moins un peptide, obtenu par hydrolyse trypsique, répondant à au moins l'une des séquences suivantes :
- RELGIGTPSFLHNGGQWYIYA (SEQ ID n° 1)
- RNLYNPGQYXYVR (SEQ ID n°2)
- EQATANGQNSSGQQSTGGSAAP (SEQ ID n°3) L'Invention a également pour objet le produit immunomodulateur obtenu selon le procédé décrit précédemment à titre de médicament, et en particulier à titre de médicament immunomodulateur. Un autre objet de l'Invention est une composition pharmaceutique caractérisée par le fait qu'elle renferme, à titre de principe actif, au moins un produit immunomodulateur obtenu selon le procédé décrit précédemment, et au moins un support pharmaceutiquement acceptable. Par pharmaceutiquement acceptable on entend tout support qui tout en conservant au produit immunomodulateur obtenu selon le procédé conforme à l'Invention ses propriétés, particulièrement ses propriétés immunomodulatrices, permet de véhiculer ledit produit.
La composition pharmaceutique selon l'Invention peut se présenter sous toute forme galénique souhaitée pour une administration par voie orale à l'homme ou à l'animal, comme par exemple sous forme liquide pour un sirop ou une solution, un spray, ou sous forme solide comme par exemple une poudre, un comprimé, une gélule, une capsule, un spray poudre, dans leurs formes diverses, libération immédiate ou programmée, une gomme, une pâte, des granulés, ou sous toute autre forme adaptée à l'administration par voie orale.
Le produit immunomodulateur obtenu selon le procédé conforme à l'Invention peut également être incorporé, à titre d'ingrédient, dans des compositions alimentaires.
Par conséquent, l'Invention a également pour objet une composition alimentaire caractérisée par le fait qu'elle renferme, à titre d'ingrédient, au moins un produit immunomodulateur obtenu selon le procédé conforme à l'Invention.
De telles compositions alimentaires peuvent être destinées à l'alimentation humaine ou animale et peuvent notamment se présenter sous forme d'une préparation lactée ou non, fermentée ou non, d'origine animale ou végétale, y compris notamment les formules infantiles ou pour adultes et seniors, et en particulier sous forme d'une préparation lactée infantile, de lait liquide ou en poudre, de produits frais, de céréales, de biscuits (fourrage), de petits pots, de desserts, etc, ou bien encore sous forme de produits alimentaires ou diététiques pour adultes, dont les produits hospitaliers, ou de compléments nutritionnels. La présente Invention sera mieux comprise à l'aide du complément de description qui va suivre, qui se réfère à des exemples de préparation du produit immunomodulateur conforme à l'Invention, ainsi qu'aux figures annexées dans lesquelles :
- la figure 1 représente le chromatogramme obtenu après injection sur une colonne garnie d'un gel de Superdex® 200 d'un milieu de culture fermenté pendant 15 heures par la souche
Bifidobacterium brève CNCM 1-2219 (absorbance en millivolts en fonction du temps écoulé en minutes) ; la figure 2 compare les chromatogrammes obtenus après injection sur une colonne garnie d'un gel de Superdex® 200 d'un milieu de culture fermenté par la souche Bifidobacterium brève
CNCM 1-2219 ou par la souche B. brève CFPL (Collection de la Faculté de Pharmacie de Lille) C7 (absorbance en millivolts en fonction du temps écoulé en minutes) ;
- la figure 3 représente un agrandissement de la figure 2. EXEMPLE 1 : PREPARATION D'UN PRODUIT IMMUNOMODULATEUR OBTENU PAR CULTURE DE BIFIDOBACTERIUM
On prépare un milieu de culture contenant les ingrédients suivants :
- 50 g/1 de perméat de lactosérum,
- 10 g/1 d'hydrolysat de protéines de lactosérum, - 20 g/1 de lactose,
- 2 g/1 d'extrait de levure,
- 2,5 g/1 de dihydrogénophosphate de potassium,
- 0,3 g/1 de chlorhydrate de cystéine.
Le milieu de culture est ultrafiltré sur cassettes Centramate® vendues par la société PALL, munies de membranes en polyéthersulfone ayant un seuil de coupure de 200 kDa et le perméat est autoclave pendant 30 minutes à 120°C.
Le pH du milieu de culture est alors ajusté à une valeur de 6,5 à l'aide d'une solution d'ammoniaque diluée au quart.
Le milieu de culture est ensuite ensemencé avec les bifidobactéries à raison de 6 %o (v/v) d'un concentré congelé de la souche de Bifidobacterium brève
CNCM 1-2219 contenant 5.1010 UFC de bifidobactéries par ml de concentré congelé.
La population initiale en bactéries est de 3.10 UFC de bifidobactéries par ml de milieu de culture. Les bifidobactéries sont cultivées en anaérobiose, à une température comprise entre 37 et 40°C. Pendant la culture, le pH du milieu de culture est régulé à 6,5 au moyen d'une solution d'ammoniaque diluée au quart. Le temps de culture est de 15 heures, et la population de Bifidobacterium en fin de culture est environ de 2.107 UFC par ml de milieu de culture.
En fin de culture, les bactéries sont éliminées du milieu de culture fermenté par une centrifugation de 1 heure à 3000 g. Les activités enzymatiques résiduelles contenues dans le surnageant de centrifugation sont détruites par un traitement thermique de 3 minutes à 75°C. Le surnageant est ultrafiltré sur cassettes Centramate® vendues par la société PALL, munies de membranes en polyéthersulfone ayant un seuil de coupure de 300 kDa à une température de 40°C environ. Il est ainsi concentré 3 fois, puis lavé 3 fois à l'eau permutée. Pendant le dernier lavage, on opère une concentration de 7 fois de la partie retenue par la membrane. On obtient ainsi un concentré appelé rétentat. Le rétentat est déshydraté par lyophilisation, puis repris dans un tampon Tris- NaCl àpH 8.
1) Etude de la composition du rétentat obtenu La composition du rétentat est étudiée par chromatographie d'exclusion. Pour ce faire, 25 μl de rétentat sont injectés à un débit de 0,6 ml par minute sur colonne de gel Superdex® 200 vendu par la société Amersham Biosciences et présentant un seuil d'exclusion de 600 kDa, couplée à un détecteur UN à barrette de diodes (200-300 nm). L'intégration du signal est réalisée à l'aide du logiciel KromaSystem® 2000 vendu par la société Kontron Instruments. Deux fractions sont ainsi séparées : une fraction exclue du gel est éluée après 12,5 minutes à partir de l'injection et une fraction filtrée est éluée de 16 à 32 minutes à partir de l'injection.
Les résultats obtenus sur le rétentat après 15 heures de fermentation sont reportés sur la figure 1 annexée qui représente l' absorbance (en millivolts) en fonction du temps écoulé (en minutes) depuis l'injection du rétentat sur la colonne. Ces résultats représentent un chromatogramme typique montrant la fraction exclue et la fraction filtrée du rétentat ainsi analysé. Les figures 2 et 3 représentent les chromatogrammes obtenus après analyse d'un rétentat issu d'une culture réalisée comme décrite précédemment et d'un rétentat issu d'une culture réalisée dans les mêmes conditions mais avec une souche différente de bifidobactéries (B. brève CFPL C7). La figure 2 représente l 'absorbance (en millivolts) en fonction du temps écoulé (en minutes) depuis l'injection sur la colonne des rétentats correspondants aux deux cultures réalisées respectivement avec la souche B. brève
CNCM 1-2219 et avec la souche B. brève CFPL C7. Ces résultats montrent que, contrairement au rétentat de la culture réalisée avec la souche de B. brève CNCM I- 2219, le chromatogramme du rétentat de la culture réalisée avec la souche de B. brève
CFPL C7 ne présente aucun pic correspondant à la fraction exclue et à la fraction filtrée du rétentat. En revanche, la figure 3 qui représente un agrandissement de la figure 2, montrent qu'il est nécessaire d'agrandir considérablement l'échelle d'absorbance de la figure 2 pour faire apparaître la fraction exclue et la fraction filtrée du rétentat correspondant à la culture réalisée avec la souche B. brève CFPL C7. Ces résultats démontrent ainsi que la souche B. brève CFPL C7 ne présente pas le potentiel de production de principes actifs que représente la souche B. brève CNCM 1-2219.
2) Préparation de la fraction exclue du rétentat
Le rétentat concentré, préalablement repris dans un tampon Tris- NaCl pH 8, est soumis à une chromatographie préparative. La séparation est réalisée par chromatographie sur colonne de gel Superdex® 200 vendue par la société
Amersham Biosciences de 50 mm de diamètre et 100 cm de hauteur, alimentée à un débit de 5 ml par minute et présentant un seuil d'exclusion de 600 kDa. Les fractions sont collectées par 10 ml et leur absorbance est mesurée à 280 nanomètres. Deux fractions sont ainsi séparées :
- une fraction exclue du gel de poids moléculaire supérieur à 600 kDa (temps de rétention de l30 à l80 minutes +/- 10 %),
- une fraction filtrée de poids moléculaire compris entre 200 et 600 kDa (temps de rétention de 187 à 370 minutes +/- 10 %). La fraction exclue ou partie active est dialysee contre de l'eau distillée puis diluée de façon à revenir à la concentration du rétentat. Cette fraction peut ensuite être conservée sous forme congelée ou lyophilisée. La fraction filtrée peut également être conservée de la même manière.
EXEMPLE 2 : ANALYSE DE LA COMPOSITION GLUCIDIQUE ET PROTEIQUE DE LA PARTIE ACTIVE (FRACTION EXCLUE) PREPAREE A PARTIR D'UNE CULTURE DE BIFIDOBACTERIUM
1) Analyse de la composition glucidique de la partie active La poudre lyophilisée de fraction exclue telle que préparée ci-dessus à l'exemple 1 (10 mg) est reprise par de l'hydrazine anhydre pure (200-300 microlitres). Le mélange est incubé une nuit à 110°C, séché sous flux d'azote et repris dans 1 ml d'eau. La solution est ensuite fractionnée par perméation de gel sur colonne Fractogel TSK, vendue sous la référence HW40 par la société Merck.et l'élution est réalisée en eau. La présence de sucres dans les différentes fractions recueillies est recherchée par la méthode à l'orcinol et par chromatographie sur couche mince. Les résultats obtenus (non représentés) montrent que la majorité des sucres est dans la fraction non retenue sur le gel (>10 kDa) et migre peu après chromatographie sur couche mince. La partie glucidique de la fraction exclue constitue donc un polysaccharide de masse molaire supérieure à 10 kDa. La partie glucidique de la fraction exclue représente environ 15 à 20 % en masse de celle-ci.
La composition molaire de la fraction glucidique de la partie active est déterminée par chromatographie en phase gazeuse après méthanolyse à l'aide d'un mélange de 0,5 M d'acide hydrochlorique et de méthanol pendant 24 heures à 80°C.
Deux échantillons de la fraction exclue (Echantillons 1 et 2 CNCM 1-2219 : respectivement El et E2), provenant de deux essais différents réalisés selon l'exemple 1, sont analysés. A titre de comparaison, les mêmes analyses ont été réalisées sur un échantillon où la souche Bifidobacterium brève CNCM 1-2219 a été remplacée par la souche Bifidobacterium brève CFPL C7 (Echantillon C7) cultivée dans les mêmes conditions, ainsi que sur un échantillon où la souche Bifidobacterium brève CNCM I- 2219 a été cultivée sur un milieu lactose non conforme à l'Invention (Echantillon milieu lactose : ML) de composition suivante :
- 60 g/1 de lactose,
- 2 g/1 d'extrait de levure, - 0,3 g/1 de chlorhydrate de cystéine.
Les étapes suivantes d'extraction et de purification étant comparables en tout point à celles décrites précédemment.
Les rapports molaires en monosaccharides donnés (exprimés par rapport au rhamnose) obtenus pour la fraction exclue de ces différents échantillons sont regroupés dans le Tableau I suivant :
TABLEAU I
Figure imgf000014_0001
* : échantillon comparatif ne faisant pas partie de l'Invention.
On peut noter l'absence de rhamnose dans l'échantillon C7 où la souche Bifidobacterium brève CNCM 1-2219 a été remplacée par la souche Bifidobacterium brève CFPL C7. On peut également constater que la répartition des sucres entre les échantillons El et E2 est différente de celle de l'échantillon ML correspondant à la souche Bifidobacterium brève CNCM 1-2219 cultivée sur un milieu lactose non conforme à l'Invention. En particulier, les échantillons El et E2 renferment plus de galactose et de N-acétyl galactosamine que l'échantillon ML et moins de mannose que l'échantillon ML.
2) Analyse de la composition protéique de la partie active
La fraction protéique de la partie active représente environ 80 à 85 % en masse de celle-ci.
Le séquençage de la partie protéique de la partie active est réalisé après une étape de protéolyse à l'aide d'une solution de trypsine à 1 % dans un tampon Tris 0,1 M à pH 8.5, comme décrit dans l'article Rosenfeld J. et al, Analytical Biochemistry, 1992, 203, 173-179. Les peptides sont purifiés par HPLC en phase inverse sur une colonne Ultrasphere® ODS (octadécylsilane) d'un diamètre de 2 mm et d'une longueur de 200 mm vendue par la société Beckmann. L'élution est effectuée par un gradient linéaire d'acétonitrile dans une solution d'acide trifluoro acétique à 0,1 %. Les peptides isolés sont séquences (selon la méthode décrite dans l'article de Rosenfeld J. et al., précité) sur un appareil de référence Procise 492 vendu par la société Perkin-Elmer.
Les séquences sont ensuite comparées à celles contenues dans les bases de données suivantes : GenBank CDS translation, PDB (Protein Data Bank), SwissProt, PIR (Protein Information Resource), PRF (Protein Research Foundation), en utilisant le programme BLAST 2.2 (Basic Local Alignment Search Tool) de NCBI
(National Center for Biotechnology Information).
Cette analyse a permis de montrer que la fraction protéique de la partie active est constituée majoritairement de peptides du milieu laitier (lactoferrine, Beta-lactoglobuline, Sérum albumine...), d'une partie qui présente une bonne homologie (60% minimum) avec une séquence de protéine de Bifidobacterium longum (RELGIGTPSFLHNGGQWYIYA (SEQ ID n°l), et d'une partie dont il n'a pas été possible de déterminer d 'homologie significative avec des séquences connues et possédant les séquences suivantes : - RNLYNPGQYXYVR (SEQ ID n°2)
- EQATANGQNSSGQQSTGGSAAP (SEQ ID n°3) EXEMPLE 3 : ETUDE DE L'ACTIVITE IMMUΝOMODULATRICE DE LA FRACTION EXCLUE DU RETENTAT
1) Effet de la fraction exclue sur la flore intestinale des souris L'effet de la fraction exclue (partie active), obtenue selon le procédé décrit ci-dessus à l'exemple 1, sur l'évolution de la flore intestinale des souris a été étudié.
Le test a été réalisé sur des souris mâles C3H qui sont des souris de deuxième génération d'une lignée d'animaux axéniques, auxquelles est implantée une flore intestinale humaine adulte (provenant du CDTA, Centre de Distribution, Typage & Archivage animal, CNRS, Orléans, France). Les souris sont maintenues dans des isolateurs pour éviter toute modification de leur nouvelle flore intestinale. A leur réception, les souris sont âgées de 8-10 semaines. Un temps d'adaptation d'au moins 2 semaines est laissé aux souris après réception pour supprimer tout stress dû au transport et pour qu'elles s'acclimatent à leur nouvel environnement.
Pendant toute cette durée d'adaptation et jusqu'au début de l'expérience, ces souris disposent d'eau stérile comme boisson.
Pendant toute la durée de l'expérience, la nourriture utilisée comme base alimentaire est un régime standard de granulés RO3 vendus par la société UAR stérilisés par irradiation, contenant 25 % de protéines, 49,8 % de glucides, 5 % de lipides et 4 % de cellulose.
Pendant les 21 jours d'essai, l'eau des biberons est remplacée par les différents produits à tester c'est-à-dire la fraction filtrée, et la fraction exclue, à raison de 6 ml par jour et par souris. Un changement quotidien des biberons est réalisé afin d'éviter toute modification de la composition des produits à tester par prolifération bactérienne. Les selles sont récoltées pour l'analyse avant le traitement (T0), puis au 7ème, au 15ème et au 21ème jour durant l'administration du produit (T7, T15 et T21).
Chaque produit est testé sur un lot d'au moins 6 souris et on suit l'évolution des bactéries Bifidobacterium et Bacteroides fi-agilis dans la flore intestinale des souris.
Les prélèvements de selles sont faits dans des tubes à hémolyse stériles et sont pesés aseptiquement puis dilués en solution préréduite de Ringer diluée au quart et supplémentée en chlorhydrate de cystéine (0,3 g/1), de façon à obtenir des dilutions au dixième allant de 10"1 à 10"4. Le contenu est enfin déposé à raison de 100 μl par boîte, sur différents milieux de culture contenus dans des boîtes de Pétri :
- Milieu de Beerens (Be) (composé de 35 g/1 de base gélose Columbia, 5 g/1 de glucose, 0,3 g/1 de chlorhydrate de cystéine, 0,5 % d'acide propionique et ajusté à pH 5) pour la recherche et le dénombrement de Bifidobacterium, après étalement de dilutions allant de 10"1 à 10~4 ; - Milieu Bacteroides Bile Esculine (BBE) (composé de 37 g/1 de tryptone, 32 g/1 de Bile Esculin Agar (DIFCO), 0,5 g/1 d'esculine, 0,5 g/1 de citrate de fer ammoniacal, 0,2 % d'une solution d'hémine à 5 mg/ml, 0,25 % d'une solution de gentamicine à 40 mg/ml et 10 g/1 d'agar ; ajusté à pH 7 et autoclave 15 minutes à 120 °C) pour la recherche et le dénombrement de Bacteroides fi-agilis, après étalement de dilutions allant de 10"1 à 10"3.
L'étalement est réalisé à l'aide de billes de verre stériles sur les milieux indiqués et la lecture des milieux est réalisée après 5-7 jours d'incubation en anaérobiose à 37°C.
L'identification des bactéries est réalisée d'une part après description des colonies obtenues sur chacun des milieux et d'autre part à l'aide d'une coloration de Gram.
Les résultats concernant l'évolution de Bifidobacterium et de Bacteroides fragilis dans les selles des souris sont reportés respectivement dans les Tableaux II et III suivants :
TABLEAU II
Figure imgf000017_0001
nd : non déterminé, * : p<0,025
TABLEAU III
Figure imgf000017_0002
nd : non déterminé, * : ρ<0,025 ; ** : p<0,05 Dans ces tableaux, les résultats obtenus sont exprimés en moyenne et écart-type du log du nombre d'UFC/g de selles, et n est le nombre de souris utilisées pour chaque produit et jours testés (comparaison de rang par test de Wilcoxon pour échantillons appariés), les astérisques indiquent les résultats significatifs par rapport au temps TO. Dans ces tableaux, le chiffre mentionné entre parenthèse correspond au nombre de souris dans lesquelles est présente la bactérie en question au dessus du seuil de détection. Les résultats correspondants au milieu non ensemencé sont similaires à la valeur obtenue à TO et restent constants au cours du temps pendant les 21 jours de l'expérience (résultats non représentés dans les tableaux).
Ces résultats montrent que l'administration de l'une quelconque des deux fractions (exclue ou filtrée) conduit effectivement à une augmentation des
Bifidobacterium mais que seule la fraction exclue est efficace pour provoquer une diminution de la population en Bacteroides fragilis au sein de la flore intestinale des souris.
2) Effet de la fraction exclue sur la régulation de la translocation intestinale des micro-organismes
La mesure de la translocation intestinale des micro-organismes chez la souris est effectuée sur les souris mâles de lignée C3H à flore humaine adulte (élevage au CDTA-CNRS, Orléans, France). Pendant toute la durée d'adaptation et jusqu'au début de l'expérience, ces souris disposent d'eau stérile comme boisson.
Pendant toute la durée de l'expérience, ces souris seront nourries avec des granulés RO3 stérilisés par irradiation.
A l'âge de 10-12 semaines, début de l'expérience, on constitue trois groupes, un groupe de 18 souris qui recevra pendant toute la durée de l'expérience la fraction exclue des métabolites de Bifidobacterium brève CNCM 1-2219 à la place de l'eau des biberons, à raison de 8-10 ml par jour et par souris pendant que deux autres groupes de 12 et 23 souris recevront respectivement la fraction filtrée ou continueront de recevoir de l'eau stérile (groupe contrôle). Au 21eme jour, on effectue un prélèvement de selles comme décrit précédemment et les souris sont sacrifiées pour réaliser une étude bactériologique. Deux types de données sont obtenus à partir de l'analyse des organes des souris sacrifiées :
- la translocation par organe cible, c'est-à-dire l'évaluation du nombre de souris ayant l'organe cible contaminé et du pourcentage de la population présentant une contamination de l'organe cible.
- la dissémination bactérienne, c'est-à-dire l'intensité de la dissémination bactérienne représentée par le nombre d'organes positifs ainsi que le nombre de souris et le pourcentage de la population présentant une dissémination d'une intensité donnée. Afin de prélever les organes à analyser, l'animal est extrait de l'isolateur, transféré dans des conditions aseptiques sous une hotte à flux laminaire, et sacrifié par inhalation de chloroforme.
La peau est décontaminée avec de l'alcool à 70°, puis sur chaque souris les organes sont prélevés de façon aseptique dans l'ordre suivant : sang du cœur, poumon, foie, rate et rein. Afin d'en évaluer le poids, une fraction de chaque organe est mise en suspension dans 9 ml d'une solution de Ringer (diluée au quart, supplémentée en chlorhydrate de cystéine (0,3 g/1) et régénérée en eau bouillante pendant 15 minutes). Les organes sont ensuite broyés à l'aide d'une pipette Pasteur stérile à usage unique « Pastette® » vendue par la société NWR ou « Liquipette® » vendue par la société Gosselin. Ensuite, 100 μl de la suspension mère et de la dilution décimale suivante sont étalés à l'aide de billes de verre stériles sur gélose Columbia (vendue par la société Beckton-Dickinson), supplémentée en glucose (5 g/1), en chlorhydrate de cystéine (0,3 g/1) et en sang de cheval (5 % v/v, vendu par la société Eurobio). Après une incubation en anaérobiose pendant 7 jours à 37°C, on effectue le dénombrement de chaque type de colonies puis on détermine la morphologie des bactéries après une coloration Gram.
Les résultats obtenus, relatifs à l'analyse de la translocation par organe cible, sont regroupés dans le Tableau IN suivant : TABLEAU IV
Figure imgf000020_0001
= nombre de souris ayant l'organe cible contaminé = pourcentage de la population présentant une contamination de l'organe cible
= comparaison des groupes ayant consommé un des produits par rapport au groupe contrôle à l'aide du test exact de Fisher.
Le groupe présentant une différence significative est marqué d'une astérisque *.
Les résultats ainsi obtenus montrent que la rate et le poumon sont moins fréquemment contaminés dans la population pour laquelle l'eau de boisson a été substituée par la fraction exclue que dans la population contrôle de souris ayant reçu de l'eau comme boisson.
Par ailleurs, ces résultats font apparaître que la fraction filtrée est sans effet sur la régulation de la translocation bactérienne.
Les résultats obtenus concernant la dissémination bactérienne sont regroupés dans le Tableau V suivant :
TABLEAU V
Figure imgf000020_0002
= intensité de la dissémination bactérienne représentée (entre parenthèses) par le nombre d'organes positifs, nombre de souris présentant une dissémination d'une intensité donnée, c = pourcentage de la population présentant une dissémination d'une intensité donnée,
= comparaison des groupes ayant consommé un des produits par rapport au groupe contrôle à l'aide du test exact de Fisher. Le groupe présentant une différence significative est marqué d'une astérisque *.
Le nombre de souris présentant moins d'un organe contaminé (intensité de dissémination faible) est plus élevé dans la population pour laquelle l'eau de boisson a été substituée par la fraction exclue, que dans la population contrôle de souris ayant reçu de l'eau comme boisson. En outre, le nombre de souris présentant au moins trois organes contaminés (intensité de dissémination forte) est plus faible dans la population pour laquelle l'eau de boisson a été substituée par la fraction exclue, que dans la population contrôle de souris ayant reçu de l'eau comme boisson.
On constate donc que la dissémination des bactéries est moins intense chez les souris ayant reçu de l'eau de boisson complémentée par la fraction exclue. Dans ce cas, la régulation de la translocation bactérienne est plus efficace.
3) Effet de la fraction exclue sur l'expression des galectines 1 et 3
La mesure de l'expression des galectines- 1 et -3 est effectuée sur les souris à flore humaine adulte décrites précédemment. A l'âge de 12-14 semaines, début de l'expérience, on constitue deux groupes de souris, un groupe de souris qui recevra pendant toute la durée de l'expérience la fraction exclue contenant les métabolites de Bifidobacterium brève
CNCM 1-2219 à la place de l'eau des biberons, à raison de 10 ml par jour et par souris pendant qu'un autre groupe de souris continuera de recevoir de l'eau (groupe contrôle).
Aux 7ème, 15ème et 21ème jours, un lot de souris est sacrifié pour réaliser une étude biologique sur l'expression des galectines-1 et -3, évaluée par le dosage de l'ARNm codant pour ces galectines par RT-PCR quantitative (Polymerase Chain Reaction). Les organes prélevés sur les souris du groupe contrôle sacrifiées au 7eme, 15eme et 21eme jour ont été rassemblés par organe afin de constituer un pool servant de contrôle pendant toute la durée de l'expérience. La modification de l'expression des galectines- 1 et -3 dans les organes testés constitue un indicateur de l'effet des métabolites produits par la souche de Bifidobacterium brève CNCM 1-2219 contenus dans la fraction exclue.
Les galectines- 1 et -3 sont dosées dans la rate et les poumons de souris ayant été sacrifiées comme décrit précédemment.
Pour ce faire, une fraction de poumon (un lobe) et la moitié de la rate sont prélevées stérilement et dans cet ordre sur chaque souris. Les fragments sont ensuite déposés dans des boîtes de Pétri préalablement traitées pendant 24 heures avec une solution stérile d'eau et de DEPC (DiEthyl PyroCarbonate, vendu par la société Sigma) à 1/1000. Les organes sont alors perfusés une première fois avec du tampon PBS à l'aide d'une seringue et d'une aiguille stérile afin d'en éliminer le sang. Les organes sont ensuite transférés dans une autre boîte de Pétri contenant 200 microlitres de PBS additionné de 50 unités d'inhibiteur de RNase (vendu par la Société Applied Biosystems) et sont perfusés à nouveau avec cette solution. Les organes sont enfin découpés en tranches inférieures à 5 mm qui sont déposées dans un tube Biopur® (Eppendorf) contenant 0,5 ml d'une solution de stabilisation de l'ARN, vendue sous la référence RNALater® par la société Qiagen. Les organes sont ensuite stockés au congélateur à -20°C jusqu'à l'analyse. a) Extraction des ARN totaux des organes prélevés L'ARN total est extrait des tissus après lyse cellulaire selon le protocole d'utilisation du kit d'extraction RNeasy protect® vendu sous la référence 74126 par la société Qiagen.
Pour ce faire, la solution de stabilisation est retirée et une bille de tungstène traitée au DEPC ainsi que 600 microlitres d'une solution de lyse (tampon RLT contenu dans le kit) sont ajoutés à chaque organe. Ils sont ensuite broyés à l'aide d'un broyeur RETSCH MM2000, puis centrifugés à 13000 g pendant 3 minutes à 4°C. Le surnageant est alors placé dans un tube de 1,5 ml contenant 600 microlitres d'éthanol à 70 % puis homogénéisé. Une partie de cette solution (700 microlitres) est ensuite déposée sur une colonne de filtration qui permet d'accrocher les ARN, pour être centrifugée à 8000 g pendant 1 minute à 4°C. Après avoir vidé le tube collecteur, 700 microlitres d'un tampon de lavage (tampon RW1 contenu dans le kit) sont ajoutés sur la colonne qui sera centrifugée à 8000 g pendant 1 minute à 4°C. Le tube collecteur est à nouveau vidé et 500 microlitres d'un second tampon de lavage contenant de l'éthanol à 70 % (tampon RPE contenu dans le kit) est ajouté sur la colonne pour être centrifugée à 8000 g pendant 1 minute à 4°C. Cette dernière étape est renouvelée mais en effectuant une centrifugation à 13 000 g pendant 2 minutes à 4°C. Enfin, 30 microlitres d'un tampon d'élution permettant de décrocher les ARN de la colonne (tampon RNase free contenu dans le kit) sont ajoutés sur la colonne. L'éluat est alors centrifugé à 8 000 g pendant 1 minute à 4°C après avoir été incubé à température ambiante pendant 5 minutes. L'étape d'élution est à nouveau effectuée et les échantillons ainsi obtenus sont congelés rapidement à -80°C. Une quantité équivalente à une unité de DNase, vendue par la société Boehringer, est ajoutée à chaque échantillon qui est ensuite incubé au bain- marie à 37°C pendant 15 minutes.
Afin d'évaluer la quantité d'ARN total des échantillons, ceux-ci sont dilués au l/8eme dans de l'eau stérile qui est placée dans une microcuve permettant la lecture de l'absorbance à 260 nm sur un spectrophotomètre UN de référence Genquant, vendu par la société Pharmacia. Pour obtenir la concentration en AR total des échantillons, la valeur de la densité optique (DO) ainsi obtenue est multipliée par le facteur de dilution et par 40 (une unité de DO = 40 microgramme/ml d'ARΝ). b) RT-PCR quantitative utilisant la méthodologie Taq Man® La RT-PCR quantitative est réalisée à l'aide du kit qPCR™ Core Kit vendu par la société Eurogentec dans un fhermocycleur de référence Abi Prism 7700 {Séquence Détection System, Applied Biosystems) vendu par la société Perkin Elmer. Le mélange réactionnel résumé dans le tableau NI suivant est réalisé :
TABLEAU VI
Figure imgf000024_0001
* produit fourni dans le kit qPCR™ Core Kit
Le mélange réactionnel est soumis au programme suivant : 10 minutes à 65°C pour éliminer les structures secondaires des ARΝ, 30 minutes à 42°C pour activer la transcriptase inverse, 10 minutes à 95 °C pour activer la polymérase, 15 secondes à 95°C pour dénaturer les brins d'ADN et 1 minute à 61 °C pour l'hybridation et l'élongation à partir des amorces. Quarante cycles sont effectués pour les deux dernières étapes. L'expression des galectines-1 et -3 est évaluée par rapport à l'expression d'un gène de référence, tel que celui codant pour la β-actine dont l'expression est constante.
Les sondes et les amorces utilisées et choisies grâce au logiciel Primer Express® vendu par la société Perkin Elmer sont les suivantes : Galectine-1 :
Sens : 5'-TCA ATC ATG GCC TGT GGT CTG-3' (SEQ ID n° 4) Anti-sens : 5'-AAG CTC TTG GCG TCC GAG G-3' (SEQ ID n° 5) Sonde : 5'-TCG CCA GCA ACC TGA ATC AAC CTG-3' (SEQ ID n° 6) Galectine-3 : Sens : 5 '-AAT GGC AGA CAG CTT TTC G-3 ' (SEQ ID n° 7) Anti-sens : 5'-GAT CAT GGC GTG GTT AGC-3' (SEQ ID n° 8) Sonde : 5 '-TTC CAC TTT AAC CCC CGC TTC AAT GAG AAC-3' (SEQ ID n° 9) β-actine : Sens : 5 '-TGG CGC TTT TGA CTC AGG ATT-3 ' (SEQ ID n° 10)
Anti-sens : 5'-GGG ATG TTT GCT CCA ACC AAC-3' (SEQ ID n° 11) Sonde : 5'-GCC GTC GCC TTC ACC GTT CCA GTT TTT-3' (SEQ ID n° 12)
Afin de valider chaque microplaque soumise aux cycles de PCR, un calibreur est préparé à partir d'organes d'un lot de 6 souris C3H à flore humaine soumises à un régime alimentaire standard (eau stérile et granules RO3) sur lesquelles les poumons et la rate ont été prélevés. Les ARN totaux de chaque organe ont été extraits à l'aide du protocole précédemment décrit pour les organes des lots de souris à tester. Les différents extraits ainsi obtenus sont ensuite rassemblés pour chaque organe afin de constituer un pool servant de calibreur pendant toute la durée de l'analyse.
Lors de l'analyse, les prélèvements à tester sont déposés en duplicate et la gamme étalon réalisée à partir de l'échantillon calibreur est déposée en triple. Une moyenne est alors réalisée à partir de chaque prélèvement et pour l'échantillon calibreur. Les résultats de l'expression relative de la galectine-1 par rapport à la β-actine sont regroupés dans le Tableau VII suivant :
TABLEAU VII
Figure imgf000025_0001
Les résultats de l'expression relative de la galectine-3 par rapport à la β-actine sont regroupés dans le Tableau NUI suivant :
TABLEAU VIII
Figure imgf000026_0001
Dans les tableaux Nil et NUI :
- a = nombre de souris par lot ;
- = médiane de l'expression relative de galectine ;
- = résultats extrêmes d'expression relative de galectine ; - la valeur désignée par la lettre U est la valeur statistique du test U de Mann-Whitney ;
- p indique le seuil de significativité de la méthode.
Ces résultats montrent qu'une augmentation de l'expression de la galectine- 1 est observée dans la rate des souris pour lesquelles l'eau de boisson a été substituée par la fraction exclue. L'expression de la galectine- 1 (induction de l'apoptose cellulaire, en particulier de lymphocytes T activés) chez les animaux contrôles est deux fois plus élevée par rapport à celle de l'actine, ce qui semble être en relation avec la contamination bactérienne de l'organe (l'expression de la galectine-1 est significativement inférieure en absence de bactéries dans la rate — U = 15, p<0,05 — et elle augmente en fonction du taux de contamination bactérienne lorsqu'il y a des bactéries - corrélation r = 0,77, p<0,05, test de Spearman). L'expression de la galectine- 1 se normalise après 7 jours de prise de la fraction exclue, puis augmente ultérieurement d'un facteur 4 à 10 respectivement à 15 et 21 jours de prise (indépendamment de la contamination bactérienne résiduelle de l'organe). Dans les poumons, l'expression relative de la galectine- 1 est normale chez les souris contrôle et la diminution faible mais significative après 7 jours de prise de la fraction exclue est suivie d'une augmentation (transitoirement significative à 15 jours de prise) puis d'une normalisation de l'expression de la galectine-1 après 21 jours de prise de la fraction exclue.
Ces résultats montrent également qu'une baisse de l'expression de la galectine-3 est observée dans les poumons des souris pour lesquelles l'eau de boisson a été substituée par la fraction exclue.
L'ensemble de ces résultats démontre que la fraction exclue (produit immunomodulateur obtenu selon le procédé conforme à l'Invention) a un effet immunomodulateur et permet d'augmenter la population de Bifidobacterium et de diminuer la population en Bacteroides fragilis.

Claims

REVENDICATIONS
1. Produit immunomodulateur caractérisé par le fait qu'il est obtenu selon un procédé de préparation comprenant les étapes suivantes : - l'ensemencement et l'incubation, en conditions aérobies ou anaérobies et à une température comprise entre 30 et 40 °C environ, de Bifidobacterium comprenant au moins la souche Bifidobacterium brève 1-2219 dans un substrat aqueux présentant un pH compris entre 6 et 8 environ, et comprenant au moins les ingrédients suivants : i) du perméat de lactosérum, ii) un hydrolysat de protéines de lactosérum, iii) du lactose
- l'élimination des Bifidobacterium du substrat aqueux ;
- l'ultrafiltration du substrat aqueux sur des membranes de filtration ayant un seuil de coupure compris entre 100 et 300 kDa pour obtenir un rétentat concentré ;
- la déshydratation du rétentat concentré ;
- la mise en solution du rétentat déshydraté dans un tampon ;
- la chromatographie d'exclusion sur gel sur colonne présentant un seuil d'exclusion de 600 kDa de la solution du rétentat ;
- la récupération de la fraction exclue à l'issue de la chromatographie qui constitue le produit immunomodulateur.
2. Produit immunomodulateur selon la revendication 1, caractérisé par le fait que les Bifidobacterium sont ensemencés dans le substrat aqueux à raison de 1.104 à 4.109 unités formant colonies par ml de substrat.
3. Produit immunomodulateur selon la revendication 1 ou 2, caractérisé par le fait que la température du substrat est maintenue une valeur comprise entre 37 et 40°C pendant toute la durée de l'incubation.
4. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé par le fait que le pH du substrat aqueux est maintenu à une valeur comprise entre 6 et 8 pendant toute la période d'incubation.
5. Produit immunomodulateur selon la revendication 4, caractérisé par le fait que le pH du substrat aqueux est maintenu à une valeur comprise entre 6,5 et 7,5 pendant toute la période d'incubation.
6. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé par le fait que les ingrédients du substrat aqueux sont présents dans les quantités suivantes : i) perméat de lactosérum : de 3 à 80 g, ii) hydrolysat de protéines de lactosérum : de 2 à 80 g, iii) lactose : de 5 à 50 g ces quantités étant données par litre dudit substrat aqueux.
7. Produit immunomodulateur selon la revendication 6, caractérisé par le fait que les ingrédients du substrat aqueux sont présents dans les quantités suivantes : i) perméat de lactosérum : de 40 à 60 g, ii) hydrolysat de protéines de lactosérum : de 5 à 15 g, iii) lactose : de 10 à 30 g ces quantités étant données par litre dudit substrat aqueux.
8. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé par le fait que le substrat aqueux comprend en outre au moins un ingrédient additionnel choisi parmi les sels tampon, les extraits de levure et le chlorhydrate de cystéine.
9. Produit immunomodulateur selon la revendication 8, caractérisé par le fait que le substrat aqueux comprend un sel tampon choisi parmi le dihydrogénophosphate de sodium et le dihydrogénophosphate de potassium qui représente de 0,5 à 5 g par litre de substrat aqueux.
10. Produit immunomodulateur selon la revendication 8, caractérisé par le fait l'extrait de levure représente de 0,5 à 5 g par litre de substrat aqueux.
11. Produit immunomodulateur selon la revendication 8, caractérisé par le fait que le chlorhydrate de cystéine représente de 100 à 500 mg par litre de substrat aqueux.
12. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé par le fait que l'élimination des Bifidobacterium du milieu de culture est réalisée par microfiltration ou par centrifugation du substrat aqueux.
13. Produit immunomodulateur selon la revendication 12, caractérisé par le fait que l'élimination des Bifidobacterium du milieu de culture est réalisée par centrifugation du substrat aqueux.
14. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé par le fait que le procédé comporte en outre, après l'étape d'élimination des Bifidobacterium, une étape supplémentaire de destruction des activités enzymatiques résiduelles contenues dans le substrat aqueux après incubation.
15. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé par le fait que la chromatographie d'exclusion est réalisée sur un gel de dextrane et d'agarose réticulé.
16. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé par le fait que la fraction exclue est essentiellement constituée d'un complexe de polysaccharides et de protéines dans lequel la fraction glucidique représente de 5 à 30 % en poids, la fraction protéique représentant de 70 à 95 % en poids par rapport au poids total dudit complexe.
17. Produit immunomodulateur selon la revendication 16, caractérisé par le fait que la fraction glucidique de la fraction exclue présente la composition en monosaccharides suivante (exprimée en rapports molaires par rapport au rhamnose) : galactose : 5,5 à 8 ; mannose : 0,8 à 1,3 ; glucose : 2,5 à 5 ; N-acétyl galactosamine : 0,3 à 1 ; N-acétyl glucosamine : 0,07 à 0,3 ; acide neuraminique 0 à 0,15 et rhamnose : 1.
18. Produit immunomodulateur selon la revendication 16, caractérisé par le fait que la fraction protéique comprend au moins un peptide répondant à au moins l'une des séquences suivantes :
- RELGIGTPSFLHNGGQWYIYA (SEQ ID n° 1 )
- RVLYNPGQYXYVR (SEQ ID n°2) - EQATANGQVSSGQQSTGGSAAP (SEQ ID n°3)
19. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications précédentes, à titre de médicament.
20. Produit immunomodulateur selon l'une quelconque des revendications précédentes, à titre de médicament immunomodulateur.
21. Composition pharmaceutique caractérisée par le fait qu'elle renferme, à titre de principe actif, au moins un produit immunomodulateur obtenu selon le procédé tel que défini à l'une quelconque des revendications 1 à 18, et au moins un support pharmaceutiquement acceptable.
22. Composition pharmaceutique selon la revendication 21, caractérisée par le fait qu'elle est destinée à l'administration par voie orale et qu'elle se présente sous forme liquide ou solide.
23. Composition alimentaire caractérisée par le fait qu'elle renferme, à titre d'ingrédient, au moins un produit immunomodulateur obtenu selon le procédé tel que défini à l'une quelconque des revendications 1 à 18.
24. Composition alimentaire selon la revendication 23, caractérisée par le fait qu'elle se présente sous la forme d'une préparation lactée ou non, fermentée ou non, d'origine animale ou végétale, y compris de formules infantiles, pour adultes ou pour seniors.
25. Composition alimentaire selon la revendication 24, caractérisée par le fait qu'elle se présente sous la forme de lait liquide ou en poudre, de produits frais, de céréales, de biscuits (fourrage), de petits pots, de desserts, de produits hospitaliers, de produits diététiques ou de compléments nutritiom els.
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