ベトナムの彼女が、Visa申請がわからず、パスポートと在留資格証明書を他の人に任せたのですが、そのま

話のつじつまが合わないんですけど・・・・

visa申請をする＝visaが切れそうだから？
在留資格証明書＝visaを持っている。有効期限はvisaと在留資格が同じ。

ということは、今後、必要なのは、パスポートだけ。
パスポートの紛失届け、後、再発行でいいんじゃない？
在留資格証明書は要らないでしょ？もう、期限が切れそうなんだから。

＞とりあえず警察ですね、

いえいえ、あなたは未だ、何が起こっているのか正確に説明してくれていません。とはいえ、詳しくご説明いただいても、私はベトナムの民法にも刑法にも明るくないので、起こったことが法に触れているかどうか、現地警察に被害届を出すべきなのか、民事裁判を提起すべきなのかも判断できません。

日本の行政書士法違反があったとしても国外犯規定があるかどうか、まぁあったとして日本の警察に被害届なり告訴状を出したとしても、容疑がある人間は国外にいるのでしょうから、日本の警察権は行使できず、犯罪人引渡し協定も機能せず、時効は停止しているため特に何もせず、になります。

しかしながら、当初の質問からするに、当人にとって重要な書類を返却せず、契約内容を履行せずに高額な報酬を要求しているように見えるので、それなりの機関には相談した方が良いとは思います。

在資認定証明をもとに査証申請する際に、代行業者に依頼したということでしょうか。

在ベトナム日本領事館がそれを禁止していないのであれば、純粋に民間業者に代行依頼をしただけの民事案件です。しかも、日本のものではなくベトナムの。
ベトナム民法上、違法な点がなければ商習慣ですから、恐喝や強要といった刑事事件でないと（正確にはベトナム刑法での刑事事件でないと）、どうということにもなりません。

もし、在留資格認定証明書交付申請をその業者が依頼をもって行ったのだとすれば、法務省令で定める代理人でなければ、日本では行政書士法違反となります。しかし、これの国外犯規定を外国在住の外国人に適用するのは難しいです。