Entrez
Le système global de recherches inter-bases de données Entrez (en anglais Entrez Global Query Cross-Database Search System) permet d'accéder à des bases de données du site internet du National Center for Biotechnology Information (NCBI). Le NCBI fait partie de la National Library of Medicine (NLM), qui est elle-même un département des National Institutes of Health (NIH) du gouvernement des États-Unis.
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Recherches
modifierTexte anglais à traduire :
Entrez is a powerful search engine that can be applied to any of the large databases maintained by the NCBI. These include:
- Medline - articles from (mainly medical) journals, often including abstracts. Links to PubMed Central and other full-text resources are provided to articles from the 1990s.
- PubChem, a database of chemical structures, properties, and bioactivities of chemical compounds and substances
- Sequence
- Mapping
- Taxonomy
- Structural data.
The Entrez system can provide views of gene and protein sequences and chromosome maps. Entrez can efficiently retrieve related sequences, structures, and references. Some textbooks are also available online through the Entrez system. Entrez Global Query is an integrated search and retrieval system that provides access to all databases simultaneously.
Bases de données
modifierEntrez permet de faire une recherche globale ou filtrée dans les bases de données suivantes :
- All Databases : recherche dans toutes les bases de données ci-dessous
- NCBI web site : NCBI web and FTP web sites
- PubMed : littérature scientifique et biomédicale avec le plus souvent accès aux résumés (en anglais : abstracts). La consultation de l'article intégral est également possible pour certains journaux lorsqu'un lien a été établi avec l'éditeur.
- Protein : recherche de séquences de protéines
- Nucleotide : recherche de séquences de nucléotides (GenBank)
- EST : Expressed Sequence Tags Database
- GSS : Genome Survey Sequences Database
- Structure : structures macromoléculaires en 3D
- Genome : séquences complètes de génomes Mapping
- BioSystems : voies métaboliques et systèmes biologiques
- Books : livres en ligne
- CancerChromosomes : aberrations cytogénétiques des cancers
- Conserved domains : domaines conservés des protéines
- 3D Domains : domaines de protéines en 3D
- Epigenomics : modifications qui contrôlent l'expression des gènes
- Gene : information complète sur les gènes
- Genome Project : informations issues du Human Genome Project
- dbGAP : génotypes et phénotypes (database of Genotypes and Phenotypes)
- dbVar : variations structurelles de l'ADN (inversions, translocations, insertions et délétions)
- GENSAT : atlas d'expression de gènes du système nerveux central de la souris
- GEO Profiles : profils d'expression de gènes
- HomoloGene : séquences homologues chez des groupes eucaryotes
- Images : images, figures et tableaux provenant des articles déposés dans PubMed Central
- MeSH : Catalogue des descripteurs (Medical Subject Headings)
- NLM Catalog : données bibliographiques de la bibliothèque Nationale de Médecine américaine (NLM)
- OMIM : transmission mendelienne chez l'homme
- OMIA : transmission mendelienne chez l'animal
- Peptidome : données d'identification de peptides et de protéines par spectrographie de masse en tandem
- PMC : Pubmed Central, sous-ensemble de PubMed comportant l'intégralité des articles accessibles librement
- PopSet : données sur l'étude des populations (épidémiologie)
- Probe : séquences spécifiques pour sondes moléculaires
- Protein cluster :
- PubChem BioAssay : bio-activité des substances chimiques
- PubChem Compound : activité biologique et structure chimique de composés uniques
- PubChem Substance : activité biologique et structure chimique de composés complexes
- SNP : polymorphismes nucléotidiques simples
- SRA : données issues du séquençage de dernière génération [Short Read Archive (SRA)]
- Taxonomy : organismes dans GenBank Taxonomie
- UniGene : groupe de séquences transcrites issues d'un même gène
- UniSTS : séquences uniques de l'ADN dont la localisation est la position sont connues
Genbank
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The NCBI has had responsibility for making available the GenBank DNA sequence database since 1992. GenBank coordinates with individual laboratories and other sequence databases such as those of the European Molecular Biology Laboratory and the DNA Database of Japan.
Since 1992, NCBI has grown to provide other databases in addition to GenBank. NCBI provides Online Mendelian Inheritance in Man, the Molecular Modeling Database (3D protein structures), the Unique Human Gene Sequence Collection, a Gene Map of the Human genome, a Taxonomy Browser, and coordinates with the National Cancer Institute to provide the Cancer Genome Anatomy Project.
The NCBI has software tools that are available by WWW browsing or by FTP. For example, BLAST is a sequence similarity searching program. BLAST can do sequence comparisons against the GenBank DNA database in less than 15 seconds.
Catalogue NLM
modifierTexte anglais à traduire :
The NLM Catalog provides access to NLM bibliographic data for over 1.2 million journals, books, audiovisuals, computer software, electronic resources, and other materials via the NCBI Entrez retrieval system. Updated every weekday, the NLM Catalog is an alternative search interface to the bibliographic records resident in LocatorPlus.