Prajmilo

Prajmilo estas mallonga DNA aŭ RNA sinsekvo, komplementa al komenco de matrico, kiu servas kiel start-punkto por sintezo de fadeno matrico-komplementa per DNA-polimerazo.

Por bone elekti prajmilojn, necesas ke ties sinsekvo respektu kelkajn regulojn:

• Prajmiloj estu specifaj de celitaj sinsekvoj.
• Prajmiloj ne enhavu palindromajn sinsekvojn ĉar ili povas provoki intra-molekulan hibridiĝon. (harpinglaj strukturoj)
• Ambaŭ prajmiloj ne havu homologion ĉar tio povas rezulti el inter-molekula hibridiĝo (inter la du prajmiloj).
• La elektitaj sinsekvoj ne korespondu al genomaj ripetitaj sinsekvoj (perdo de specifeco).
• La proporcio inter la 4-tipaj nukleotidoj estu ekvilibra.
• La fandiĝo- kaj hibridiĝo- temperaturo de ambaŭ prajmiloj estu similaj.