分散型科学(DeSci)は,科学の在り方を変えようとするムーブメントです.その本質を理解するには,web3・ブロックチェーンなど、新しいテクノロジーや概念の知識が必要です.本記事では,web3が何かをまとめていきますね.
元研究者のマニアックなブログ です. 以下の内容を扱っています. ・意外と知らない「実験室の当たり前」 ・実験の「なぜ?どうして?」 ・実験データの見方 ・実験のトラブルシューティング ・実験で使う統計学 ・ブログの運営報告
【web3とは?】分散型科学(DeSci)の理解に必要な知識(1)
分散型科学(DeSci)は,科学の在り方を変えようとするムーブメントです.その本質を理解するには,web3・ブロックチェーンなど、新しいテクノロジーや概念の知識が必要です.本記事では,web3が何かをまとめていきますね.
研究職の派遣社員に求められる『学生指導のサポート』は妥当なのか?
派遣社員として研究職を探していたら,大学の求人で『学生指導のサポート』も期待されていると発見!本来の業務とのギャップや学生への影響,派遣社員の適切な役割について考察します.
細胞研究とモデル生物【線虫・ショウジョウバエ・ウニ・蛙】の比較
細胞研究で使われるモデル生物、線虫やショウジョウバエとウニやカエルの違いとは?それぞれの特性や研究における役割を解説します。
トークン&トークノミクスとは?分散型科学(DeSci)での役割を学ぶ
トークンはブロックチェーン上で発行されるデジタル資産です.web3.0プロジェクトの中で様々なトークンがあり,DeSciプロジェクトでも発行されていますよ.今回は,初めてトークンに触れる方に向けて,その基本概念と種類,DeSciでの使用方法を解説しますね.
【DeSciを学ぶ】DAO(分散型自律組織)の概要と科学分野での事例紹介
分散型やブロックチェーンを概要を理解したら,次はDAO(分散型自律組織)を勉強しましょう.DAOの組織構造は既存組織のそれと全く違います.だから,それを科学分野で実践しているサイエンスDAOも既存の大学や研究機関とは運営方法が全く異なります.
【分散型科学(DeSci)を知る】伝統的な科学(TradSci)が抱える課題とは?
少し前のDeSciの記事を読んだけど,よく分かりませんでした.もっと分かりやすくお願いします! 本記事は,このようなトピックにお答えします. 本記事の内容・分散型科学(DeSci)という言葉の説明 ・「分散型」の考え方の説明 ・ブロックチェ
【体験談】キリンの腸内細菌検査 MicroBio Me で必要な食物繊維の種類を確認
キリンの腸内細菌検査 MicroBio Me で菌種や潜在能力の解析を行ったので,その体験をまとめました.検査手順,サンプル採取、結果の確認まで解説中!腸活中の人で今までとは違う視点で腸内細菌を知りたい人におすすめです.
【私のルーツをたどる】遺伝子検査で今の自分に繋がる祖先の足跡を追う
遺伝子検査って面白いですね!今回はエンタメとして遺伝子検査(感覚としては「占い」に近い)の例として祖先解析の結果を共有したいと思います.父系&母系のハプログループを知って、今の自分に繋がるあなたのルーツをたどってみませんか?
ユーグレナの腸内フローラバランスチェックでエンテロタイプや主要細菌比率を解析したので,その体験をまとめました.検査手順,サンプル採取、結果の確認まで解説中!腸活中の人やダイエット志向者におすすめです.
ブロックチェーンとDAOが創る【分散型科学(DeSci)】とは?
ブロックチェーン技術とDAOを研究活動に応用した分散型科学(DeSci)が注目を浴びています.この記事では,ブロックチェーン技術とDAOについて簡単に説明した後,DeSciの特徴や魅力を解説していきます.
最近,研究職への復帰を考えている私は,バイオ分野の転職活動の難しさを実感しています.今回はクリーク・アンド・リバー社が運営する「Laboしごと」に無料登録して実際に転職面談を受けてみたので,その体験をまとめます.
「母国語が英語ではない研究者は科学活動において不利」と解釈できる論文の紹介と博士課程時代の英語に関する経験をまとめました.
タンパク質の発現を検討する時,ELISA法・WB法・IHC法などでタンパク質の検出を試みます.実験には特異抗体が必要ですが,市販抗体は対象動物が限られているため,その抗体が目的の動物に使用できるかの検証が必要です.本記事では抗体の交差反応を確認する方法をまとめました.
病理組織標本を作製するときのホルマリンは酸性(非緩衝)ホルマリンですか?それとも中性緩衝ホルマリンですか?本記事ではホルマリンの使い分けをまとめました.コストと目的を意識して組織固定をやりましょう.
スマホでのPubMedの使い方を簡単にまとめました.パソコンと違って画面が小さいので,最初は使いにくいかもしれませんが,スマホでも十分に文献検索ができますよ!
感度と特異度の解釈の仕方についてまとめました.
実験動物の血液学的検査や血液生化学的検査の値が,供給会社が提供しているそれと異なるんですけど,これって異常ですか?本記事は,このような「なぜ?どうして?」にお答えします.本記事の内容・血液学的検査や血液生化学的検査の参照値は「正常値」ではな
ウイルス分離の培養試験では対照実験は要らないのですか?という質問をいただきました.私自身もウイルス分離の仕事をしたことがあるので,今回は私の考えをまとめました.
qPCRのΔΔCt法の計算方法に関する質問がいくつかありましたので,本記事ではΔΔCt法の解析をExcelで行う方法をご紹介します.
この記事では,qPCRでハウスキーピング遺伝子を定量する理由とハウスキーピング遺伝子の選定方法についてまとめました.本記事を読み終えると,qPCR 実験を自分ごと化することができますよ.
Tween 20 ではなく Tween 80 を使うのはなぜですか?本記事は,このような「なぜ?どうして?」にお答えします.本記事の内容・Tween 20 と Tween 80 の違い・細菌培養で Tween 80 を使う理由...
今回は「尿一滴で、自宅で簡単に受けられるがん検査」で話題の【N-NOSE】を使ってみたので,その体験談をまとめました.
系統樹を書くことはありますか?生物の進化関係や近縁・類縁関係を研究している人にとっては当たり前の図ですが,その見方を記述しているものが少ないです.本記事では,系統樹の見方と解釈の仕方を簡単にまとめました.
マルチプルアラインメントのアルゴリズムってたくさんあるんですね.どれを使えば良いんですか?本記事は,このような疑問にお答えします.本記事の内容・4つのアルゴリズム(MUSCLE,Clustal Omega,MAFFT,ClustalW)の特
皆さんは,細胞数をカウントする時,どの計算盤を使っていますか?この記事では,トーマ型・ノイバウエル改良型・ビルケルチュルク型・フックスローゼンタール型の4つの血球計算盤の規格と使い方をまとめました.
皆さんは,論文等を読む時に根拠(Evidence)のピラミッドを意識していますか?単に「報告がある」だけでは,その信頼度を担保できません.この記事では,論文の質に関わる根拠のピラミッドについてまとめました.
皆さんは,実験室でどんな消毒薬を使っていますか?実験室内では,エタノールを使った消毒用アルコールが有名ですね. でも,消毒薬はそれだけではありません.本記事では,実験室でよく使う消毒薬を比較していきます.
"P2P" と聞いて何を思い浮かべますか?私はカルタヘナ法の拡散防止措置ですが,中には "Peer to Peer" って人もいるようです.実験室の "P2P" は "Peer to Peer" ではありませんよ!
WBで転写するとき,ウェット式とセミドライ式でゲルを置く位置に違いがあることをご存知でしょうか?本記事では,ゲルの位置が異なる理由と両方を使う分ける場合の注意点をまとめました.
皆さんは,実験で希釈系列を作ることはありますか?2倍階段希釈とか10倍階段希釈などの希釈系列を作るときに溶媒の存在を忘れていませんか?この記事では,正しい希釈系列の作り方をまとめました.
皆さんはRNAの品質をどう評価していますか?ナノドロップなどで吸光度を測定している方が多いでしょう.でも実は,ナノドロップだけでは不十分です.本記事では,RNAの品質チェック方法をまとめました.
本記事では,派遣社員の研究員の賃金と労働時間について,2020年度版の私のデータをまとめました.
実験室には色々な器具があり,その用途や使い方もそれぞれです.見た目や感覚でなんとなく使う人もいるみたいですが...器具の用途を知らずに誤った使い方をすれば,実験を正確に行えません.
探索的研究と検証的研究の違いはご存知ですか?この違いを理解していないと研究倫理違反となる可能性があります.本記事では「探索的研究と検証的研究の違い」と研究倫理違反である "HARKing" をまとめました.
皆さんは,遺伝子検査を受けたことはありますか?私は以前から遺伝子検査に興味津々でした.今回,実際に遺伝子検査キットを購入し,私のゲノム配列からどんな情報が分かるのかを試してみました.
皆さんのオススメの文房具は何ですか?ユニークな物や使いやすい物など色々なオススメの文房具があると思います.この記事では「実験室に常備しておきたい文房具」を実験従事者の観点からまとめました.
皆さんは,どんな種類のマイクロプレートを使ってますか?マイクロプレートの透明・白・黒の使い分けは大丈夫ですか?当然,色の好みで判断していけませんよ.
学問としての統計学を学んだ人は多いけど,ツールとしての統計学を学んだ人は少ないです.そこで実験データの具体的な解析方法をまとめています.本記事では,検査方法の一致度についてまとめました.
学問として統計学を学んだ人は多いけど,ツールとして統計学を学んだ人は多くはありません.そこで実験データの具体的な解析方法をまとめ始めました.本記事は,2×2の分割表,とFisherの直接検定を使った方法です.
学問としての統計学を学んだ人は多いけど,ツールとしての統計学を学んだ人は少ないです.そこで実験データの具体的な解析方法をまとめています.本記事では,2×2の分割表,とカイ二乗検定を使った方法をまとめました.
統計学の理論や定義を学んだ人は多いけど,ツールとしての統計学を学んだ人は少ないです.弊ブログでは,実験データの具体的な解析方法をまとめています.本記事では,ポアソン分布の解析方法をまとめました.
学問としての統計学を学んだ人は多いけど,ツールとしての統計学を学んだ人は少ないです.そこで実験データの具体的な解析方法を記事にしています.本記事では,二項分布を使った統計解析のやり方をまとめています.
学問としての統計学ではなく,ツールとしての統計学を知りたい!そんな方へ向けて実験データの具体的な解析方法をまとめています.今回は,9通りあるの薬の組合せのデータを使って,2要因以上の統計解析方法を解説します.
学問としての統計学ではなく,ツールとしての統計学を知りたい!そんな方へ向けて実験データの具体的な解析方法をまとめています.今回は,4群のデータを使って,3群以上の統計解析方法を解説します.
実験データの具体的な解析方法【値が倍々に変わるデータの解析】
学問としての統計学ではなく,ツールとしての統計学を知りたい!そんな方へ向けて実験データの具体的な解析方法をまとめています.今回は,値が倍々に変わるデータの解析方法を抗体価のデータを使って解説します.
ツールとしての統計学を学んだ人は少ないです.弊ブログでは,実験データの具体的な解析方法を記事にしています.本記事では,対応のある検定と対応のない検定を組み合わせたやり方をまとめています.
学問としての統計学を学んだ人は多いけど,ツールとしての統計学を学んだ人は少ないです.弊ブログでは,実験データの具体的な解析方法を記事にしています.本記事では,対応のある検定のやり方をまとめています.
学問としての統計学を学んだ人は多いけど,ツールとしての統計学を学んだ人は少ないと思います.そこで実験データの具体的な解析方法を記事にしています.本記事では,2標本による検定のやり方をまとめています.
学問としての統計学を学んだ人は多いけど,ツールとしての統計学を学んだ人は少ないと思います.そこで実験データの具体的な解析方法を記事にしました.この記事では,点推定と区間推定のやり方をまとめています.
p値と有意水準の記述は多様で,"p<0.05","p<0.01","p<0.001","p<0.0001" などを見かけます.この違いは何でしょうか?p値の小ささを強調することは意味があるのでしょうか?
アミノ酸配列の比較方法【SARS-CoV2の変異種を使って】
核酸やタンパク質の配列のアライメントしたことはありますか?アライメント方法を知っておくと便利です.本記事では,Clastal OmegaとExcelを使った配列のアライメント方法をまとめました.
仮説検定では帰無仮説と対立仮説を立てます.そして「帰無仮説を棄却して対立仮説を採用」します.どうして,こんなまわりくどいやり方をするんでしょうか?本記事では,「仮説を棄却」する理由をまとめました.
PCR産物を電気泳動した時のバンドが波状になったことはありませんか?実験結果に大きな影響は及ぼしませんが,原因が分からないと気持ち悪いですよね!本記事では,PCRのバンドが波状になる理由をまとめました.
生物実験における安全の考え方には2種類あります.1つ目はPhysical containment level(Pレベル)分類で,2つ目はBiosafety level(BSL)分類です.この違いはご存知でしょうか?
「新型コロナウイルス感染症から回復した人の98%が,半年後も中和抗体を保有していた」という報告がありました.中和抗体ってどんな抗体なのでしょうか?その保有率が98%って何を意味するのでしょうか?
皆さんは,研究室または職場単位で事故を防ぐために何か工夫をしていますか?本記事では,実験室での事故の背景にある要因やミスを誘発する心理的な側面などについてまとめました.
GoTo事業の見直しが発表されました.同時に「感染拡大の主要な要因であるとのエビデンスは現在のところ存在しない」という会見の映像が各メディアを流れています.そもそもエビデンスとは何でしょうか?
新型コロナウイルス感染症に対するワクチンの報道が盛んですね!私も気になり,報告書やプロトコールを覗いてみました.本記事では,ファイザー社の報告書やプロトコールを読んで分かったことをまとめました.
オープンアクセスとハゲタカジャーナル【粗悪学術誌にはご注意】
ハゲタカジャーナルをご存知ですか?"Predatory journal" の日本語版で,粗悪学術誌とも呼ばれています.本記事は,ハゲタカジャーナルの問題点とオープンアクセスとの関連をまとめています.
あなたは,インパクトファクター(IF)を気にしていますか?IFが何を意味するのか知ってますか?IFの値ばかりを気にしてIFそのものが何を意味するのか知らない人に,本記事はオススメです.
記事では無料統計ソフトEZRの使い方をまとめました.ソフトのインストールからデータ解析までを写真を交えながら説明しています.
あなたはボックスプロット(箱ヒゲ図)を使っていますか?棒グラフや折れ線グラフばかりで使ったことないって人も多いと思います.でも,データによってはボックスプロットの方が良いこともあるんです!
標準偏差,標準誤差,95%信頼区間,これらは全部「エラーバー」です.どのエラーバーを使うかによって,グラフが示す意味は変わるりますよ.本記事では,エラーバーの種類と使い分けをまとめました.
本記事では,マスクの種類とその効能についてまとめています.今まで何気なく着用していたマスク,その種類などを気にしたことはありますか?その防御効果について興味はありませんか?
細菌培養用培地の成分比較【LB vs. S.O.C vs. TB】
以前,細胞培養用の培地の成分を比較した記事を書きました.今回はその延長で,細菌培養用培地の成分を比較します.皆さんがよく使うであろうLB培地・S.O.C培地・TB培地の成分を比較しました.
統計解析を考えてから実験デザインを考える【p-hackingはダメ】
統計解析を考えてから実験デザインを考える【p-hackingはダメ】実験結果が出たから,色々な統計解析を試して,p値が最も低い方法を採用したんだよね...そしたら,先生に怒られた...なんで?本記事は,このような「なぜ?どうして?」にお答え
実験に必要なサンプル数の"n = 3"を説明できますか?1つのサンプルを3つに分けることを"n = 3"と勘違いしている人は多いですね.本記事は,統計解析に必要なサンプル数の考え方をまとめています.
あなたは,実験データのバラつきを確認する時にどうしますか?標準偏差(SD)を見る人が多いと思います.では,変動係数(CV)はどうでしょうか?この記事では,SDとCVの使い分けについてまとめました.
論文に出てくるウェスタンブロットの見方【Raw dataは登場しない】
以前,ウェスタンブロットの結果の見方をまとめた記事を書きましたが,その記事では論文やプレゼン等で出てくるようなトリミングされた図には触れていませんでした.本記事では,トリミングされた図の見方とraw dataについてまとめました.
最近,日々の実験に掛かっている費用を考えています.本記事では,遺伝子クローニングにかかる費用を計算してみました.あなたは,1つ遺伝子をクローニングするのに,どのくらい費用が必要だと思いますか?
RNA抽出からqPCRをするまでにかかる費用【実験にはお金がかかる③】
最近,日々の実験に掛かっている費用を考えています.本記事では,RNA抽出からqPCRをするまでにかかる費用を計算してみました.あなたは,1回の実験で,どのくらい費用が必要だと思いますか?
研究職派遣の「同一労働同一賃金」を考える【派遣社員の研究員】
2020年4月1日,働き方改革関連法案の中の同一労働同一賃金に関する事項が施行されました.本記事では,同一労働同一賃金について簡単にまとめた後,研究職派遣の「同一労働同一賃金」を考えてみます.
良いグラフの描き方【Excelのデフォルトグラフをそのまま使わない】
先日,Excelのデフォルトグラフをそのまま使う人がいました.それで良いと思っているのか,それとも社内だからと手を抜いたのか...良い機会なので「良いのグラフ」の描き方をまとめてみました.
因果関係と相関関係がごっちゃになって混乱している方へ記事を書きました.本記事では,タンパク質の濃度測定を例に,因果関係がある時のX軸とY軸の取り扱いをまとめています.
実験データを解析する前に確認すること【実験データの取扱説明書】
皆さんは,実験データを解析する時に何をしていますか?形式的に,平均値・標準偏差・95%信頼区間などを計算していませんか?もしかしたらその方法は,間違っているかもしれませんよ!
核酸電気泳動で「サイズマーカーが見えない」と問い合わせがありました.本記事では,核酸電気泳動でサイズマーカーがはっきり現れない原因とそのトラブルシューティングをまとめています.
日々の実験に掛かっている費用を考えてみることにしました.本記事では,ウェスタンブロット1回にかかる費用を計算しています.あなたは,1回のウェスタンブロットで,どのくらい費用が必要だと思いますか?
博士号は足の裏の米粒と言われますが,私は博士課程まで進学して,博士号を取得して良かったと思ってます.本記事は,その理由をまとめた記事になります.皆さんはどう思いますか?
奨学金を借りる前に考えて欲しいこと【収入と支出のバランスを大切に】
奨学金の記事を書きました.私自身が奨学金の返済で辛い思いをしていること,そして,社会人となって,自分でお金を得るようになってから改めて感じたことがあったので.宜しければ,最後までお付き合いください.
日々の実験に掛かっている費用を考えてみることにしました.本記事では,1回の細胞培養にかかる費用を計算しています.あなたは,1回の細胞培養で,どのくらいお金がかかっていると思いますか?
「私」のコスパ(費用対効果)はどうなのでしょうか?博士号を取得までにかかったコストと博士号により得られたパフォーマンスを考えてみようと思います.お時間の許す限りお付き合いください.
博士号取得者に求められる能力【足の裏の米粒と言われないために】
本記事では,生命科学系の博士後取得者に求められる能力についてを考えてみました.もし私が採用側の人間だったらという視点でまとめています.
別の記事で派遣社員の給与について軽く触れましたが,今回,さらに一歩踏み込みます.本記事では,派遣社員の研究員の賃金と労働時間について,私のデータをご紹介します!
派遣社員の研究員に向いている人【正社員には向かない人の特徴】
私は,正社員よりも派遣社員の方が向いていると考えています.それでは,具体的にどのような人が派遣社員に向いているのでしょうか?本記事では,「派遣社員に向いている」と思う人の特徴をまとめました.
皆さんがイメージする研究員ってどんなお仕事ですか?本記事では,生命科学系の研究職の職務内容を具体的に挙げてみました.さらに正社員と派遣社員で比較しています.
研究職の派遣社員の実状【研究職派遣の雇用形態・給与・福利厚生】
本記事では,研究職の派遣社員の雇用形態・給与・福利厚生などをまとめています.
私は,博士課程を修了して博士号を取得後,研究職派遣を主な事業としている派遣会社に登録しました.現在は,派遣社員として,基礎研究に従事しています.本記事では,私が派遣社員として働く「理由」をご紹介します.
本記事は,研究室や会社にある抗体は使ったことあるけど,自分で抗体を探したことがない人に向けて書きました.実験で使う抗体の探し方・選び方をまとめています.あなたは実験に最適な抗体を探すことが出来ますか?
WBのメンブレンにレーン番号・表と裏などを書き込んだけど,その情報が滲んでしまい,メンブレンが汚れてしまったことがある人は多いと思います.今回,WBのメンブレンに使っても滲まないボールペンを見つけたので,ご紹介します!
細胞を破砕する実験系では,サンプル(細菌・培養細胞・組織)と局在(細胞質・細胞膜・核・培養上清)により,破砕方法を変える必要があります.本記事では,セルライセートの作製方法の使い分けをまとめました.
意外と知らない実験の品質管理基準【ISO/GLP/JISなど】
ISO規格・JIS規格・GxP規制・HACCPはご存知でしょうか?これらは品質管理の背景にあるルールのようなものです.本記事では,品質管理基準【実験室編】について簡単にまとめました.
ISO規格・JIS規格・GxP規制・HACCPはご存知でしょうか?これらは品質管理の背景にあるルールのようなものです.本記事では,品質管理基準【実験室編】について簡単にまとめました.
本記事では,検量線ついてまとめました.検量線を引く意味や検量線の評価の仕方を知りたい方にオススメです!
実験室では色々な手袋を使います.ラテックスグローブ・ニトリルグローブ・軍手などなど.使いやすいという理由も大切ですが,実は,用途に応じて使い分ける必要もあるんですよ!
抗体のクラスとかサブクラスは,気にしたことありますか?免疫に関わる研究をしている人は,当たり前ですよね.でも,抗体の種類って,それ以外の人も知っておいた方が良い情報ですよ!
新型コロナウイルスの「抗原検査」が13日から始まります.この検査方法は,イムノクロマト法と呼ばれる方法です.今回は,このイムノクロマト法についてまとめました!
実験手法の使い分け【ELISA vs. WB vs. IFA】
ELISA・WB・IFAは,どれもタンパク質を検出する方法ですが,目的に応じて使い分ける必要があります.本記事では,実験手法の使い分けとして,ELISA・WB・IFA をまとめました.
接着細胞の継代で,どんな細胞分散試薬を使ってますか?実は「細胞分散試薬=トリプシン」だと思っている方は,意外と多いです.本記事では,トリプシンを含めた細胞分散試薬をまとめました.
塩基配列データベースの見方【NCBI Nucleotide database】
今や分子生物学の実験に欠かせない遺伝子データベースの見方についてまとめました.本記事では,NCBI Nucleotide databaseの見方をまとめています.
皆さんは,細胞培養でどんな培地を使っていますか?色々な培地があります.なぜなら,細胞株ごとに培地の向き不向きがあるからです.本記事では,培地の成分についてまとめました.
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分散型科学(DeSci)は,科学の在り方を変えようとするムーブメントです.その本質を理解するには,web3・ブロックチェーンなど、新しいテクノロジーや概念の知識が必要です.本記事では,web3が何かをまとめていきますね.
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細胞研究で使われるモデル生物、線虫やショウジョウバエとウニやカエルの違いとは?それぞれの特性や研究における役割を解説します。
トークンはブロックチェーン上で発行されるデジタル資産です.web3.0プロジェクトの中で様々なトークンがあり,DeSciプロジェクトでも発行されていますよ.今回は,初めてトークンに触れる方に向けて,その基本概念と種類,DeSciでの使用方法を解説しますね.
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最近,研究職への復帰を考えている私は,バイオ分野の転職活動の難しさを実感しています.今回はクリーク・アンド・リバー社が運営する「Laboしごと」に無料登録して実際に転職面談を受けてみたので,その体験をまとめます.
「母国語が英語ではない研究者は科学活動において不利」と解釈できる論文の紹介と博士課程時代の英語に関する経験をまとめました.
タンパク質の発現を検討する時,ELISA法・WB法・IHC法などでタンパク質の検出を試みます.実験には特異抗体が必要ですが,市販抗体は対象動物が限られているため,その抗体が目的の動物に使用できるかの検証が必要です.本記事では抗体の交差反応を確認する方法をまとめました.
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「母国語が英語ではない研究者は科学活動において不利」と解釈できる論文の紹介と博士課程時代の英語に関する経験をまとめました.