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Lecture Notes in Informatics


INFORMATIK 2010. Service Science - Neue Perspektiven für die Informatik. Band 2 P-176, 752-757 (2010).

Gesellschaft für Informatik, Bonn
2010


Copyright © Gesellschaft für Informatik, Bonn

Contents

Herausforderungen bei der Extraktion von biochemischen Daten aus der Literatur

Ulrike Wittig , Renate Kania , Isabel Rojas and Wolfgang Müller

Abstract


Biochemische Daten in der wissenschaftlichen Literatur liegen in einem nur wenig strukturierten und standardisierten Format vor. Um diese Informationen nutzen und automatisieren zu können, entstand eine Vielzahl von Datenbanken, für die publizierte Daten größtenteils manuell aus der Literatur extrahiert werden, um sie Biowissenschaftlern zur Nutzung zur Verfügung zu stellen. Die Herausforderung bei dem Betrieb solcher Datenbanken besteht unter anderem in der Sicherung der Qualität der Daten. Dies bedeutet, dass viel Zeit von biologischen Experten investiert werden muss, um die Daten aus der Literatur zu extrahieren und für die Eingabe in die Datenbank vorzubereiten, um sie bestehenden Standards anzupassen. Dies erzeugt einen Großteil der zum Betrieb erforderlichen Kosten und beeinflusst damit direkt die Machbarkeit von Projekten. In dieser Publikation beschreiben wir anhand der Datenbank SABIO-RK, welche Probleme von eventuellen automatischen Methoden gelöst werden müssten, um menschliche Arbeitskraft zu ersetzen.


Full Text: PDF

Gesellschaft für Informatik, Bonn
ISBN 978-3-88579-270-3


Last changed 04.10.2013 18:34:34