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| 熊本工 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 蔵原 偉吉 | 熊本工高→1965西鉄15位 | |
| 正垣 泰祐 | 熊本工高→日本大→1967阪急4位 | |
| 松本 正幸 | 熊本工高→1968巨人5位 | |
| 林 幸義 | 熊本工高→九州産交→1971阪神5位 | |
| 長島 吉邦 | 熊本工高→新日鉄名古屋→1972広島4位 | |
| 前田 亨 | 熊本工高→日通浦和→1973阪急5位 | |
| 山森 雅文 | 熊本工高→1978阪急4位 | 1977 |
| 蓬莱 昭彦 | 熊本工高→西南学院大→1979西武4位 | |
| 伊東 勤 | 熊本工高→所沢高→西武球団職員→1981西武1位 | 1980 |
| 野村 裕二 | 熊本工高→1983日本ハム4位 | 1982 |
| 井上 真二 | 熊本工高→1984巨人5位 | |
| 二宮 正己 | 熊本工高→1984阪急5位 | |
| 杉本 拓也 | 熊本工高→1986近鉄5位 | 1986 |
| 永野 吉成 | 熊本工高→1986ロッテ5位 | 1986 |
| 緒方 耕一 | 熊本工高→1986巨人6位 | 1986 |
| 村上 誠一 | 熊本工高→1988ダイエー4位 | 1988 |
| 前田 智徳 | 熊本工高→1989広島4位 | 1988 1989 |
| 高波 文一 | 熊本工高→1993阪神3位 | 1992 |
| 田中 秀太 | 熊本工高→1994阪神3位 | |
| 荒木 雅博 | 熊本工高→1995中日1位 | |
| 松本 輝 | 熊本工高→1995ダイエー2位 | |
| 田中 雅興 | 熊本工高→1995オリックス5位 | |
| 塩崎 真 | 熊本工高→東洋大中退→新日鉄広畑→1996オリックス3位 | 1991 |
| 山本 光将 | 熊本工高→2002巨人5巡目 | 2002 |
| 藤村 大介 | 熊本工高→2007（高校）巨人1巡目 | 2005 2006 |
| 岩見 優輝 | 熊本工高→亜細亜大→大阪ガス→2010広島3位 | 2004 |
| 山口 翔 | 熊本工高→2017広島2位 | |
| 九州学院 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 松岡 功祐 | 九州学院高→明治大→サッポロビール→1966（1次）大洋1位 | |
| 柳田 俊郎 | 九州学院高→1966（1次）西鉄2位 | |
| 右田 一彦 | 九州学院高→電電九州→1981大洋1位 | |
| 園川 一美 | 九州学院高→日本体育大→1985ロッテ2位 | |
| 右田 雅彦 | 九州学院高→ＮＴＴ九州→1986南海3位 | |
| 御船 英之 | 九州学院高→福岡大→1988ダイエー2位 | |
| 東瀬 耕太郎 | 九州学院高→明治大→1989大洋2位 | |
| 金村 康平 | 九州学院高→1992横浜4位 | |
| 古沢 淳 | 九州学院高→明治大→1992ヤクルト6位 | 1987 |
| 今村 文昭 | 九州学院高→1995オリックス1位 | |
| 吉本 亮 | 九州学院高→1998ダイエー1位 | 1998 |
| 高山 久 | 九州学院高→1999西武1位 | 1998 1999 |
| 井場 友和 | 九州学院高→福岡大→富士重工→2000日本ハム1位 | |
| 大塚 尚仁 | 九州学院高→2012楽天3位 | 2010 |
| 溝脇 隼人 | 九州学院高→2012中日5位 | 2010 |
| 小田 裕也 | 九州学院高→東洋大→日本生命→2014オリックス8位 | |
| 村上 宗隆 | 九州学院高→2017ヤクルト1位 | 2015 |
| 島田 海吏 | 九州学院高→上武大→2017阪神4位 | |
| 中熊 大智 | 九州学院高→徳山大→2018（育成）西武3位 | |
| 伊勢 大夢 | 九州学院高→明治大→2019DeNA3位 | 2015 |
| 川野 涼多 | 九州学院高→2019西武4位 | |
| 吉野 光樹 | 九州学院高→上武大→トヨタ自動車→2022DeNA2位 | |
| 鎮 西 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 田端 謙二郎 | 鎮西高→電電九州→1965近鉄1位 | |
| 小平 誠司 | 鎮西高→陸上自衛隊→1967巨人9位 | |
| 稲津 憲司 | 鎮西高→1968西鉄6位 | 1968 |
| 山内 孝徳 | 鎮西高→電電九州→1979南海3位 | |
| 松崎 秀昭 | 鎮西高→1984南海4位 | 1984 |
| 山野 和明 | 鎮西高→1985西武2位 | 1984 |
| 坂田 和隆 | 鎮西高→九州産大→1985南海5位 | |
| 吉川 啓一 | 鎮西高→1985近鉄6位 | |
| 佐藤 貞治 | 鎮西高→1991広島3位 | |
| 高崎 健太郎 | 鎮西高→日産自動車→2006（大・社）横浜希望枠 | |
| 立岡 宗一郎 | 鎮西高→2008ソフトバンク2位 | |
| 猪本 健太郎 | 鎮西高→2008（育成）ソフトバンク4位 | |
| 柿原 翔樹 | 鎮西高→2011（育成）オリックス2位 | |
| 山下 篤郎 | 鎮西高→2015（育成）巨人6位 | |
| 秀岳館 （旧校名：八代第一） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 豊永 隆盛 | 八代第一高→1965中日1位 | |
| 中島 弘美 | 八代第一高→1972太平洋1位 | |
| 小林 秀一 | 八代第一高→愛知学院大→1973巨人1位 | |
| 井上 新一 | 八代第一高→九州産交→1977南海5位 | |
| 渡辺 長助 | 八代第一高→九州産交→1978阪神3位 | |
| 遠山 昭治 | 八代第一高→1985阪神1位 | |
| 松中 信彦 | 八代第一高→新日鉄君津→1996ダイエー2位 | |
| 国吉 佑樹 | 秀岳館高→2009（育成）横浜1位 | |
| 北之園 隆生 | 秀岳館高→2013（育成）巨人3位 | |
| 藤吉 優 | 秀岳館高→2014（育成）中日3位 | |
| 松尾 大河 | 秀岳館高→2016DeNA3位 | 2016 |
| 九鬼 隆平 | 秀岳館高→2016ソフトバンク3位 | 2016 |
| 田浦 文丸 | 秀岳館高→2017ソフトバンク5位 | 2016 2017 |
| 宮本 秀明 | 秀岳館高→パナソニック→2017DeNA7位 | |
| 開 新 （旧校名：熊本一工） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 田尻 茂敏 | 熊本一工高→1966（1次）サンケイ6位 | |
| 田中 猛夫 | 熊本一工高→1969ロッテ5位 | |
| 迫丸 金次郎 | 熊本一工高→愛知学院大→1973巨人4位 | |
| 谷 宏明 | 熊本一工高→1974近鉄5位 | |
| 前川 光春 | 熊本一工高→1974阪急5位 | |
| 相良 憲治 | 熊本一工高→1974広島5位 | |
| 八代東 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 沢田 止男 | 八代東高→1967巨人7位 | |
| 柏原 純一 | 八代東高→1970南海8位 | |
| 釘谷 肇 | 八代東高→1973ヤクルト2位 | |
| 藤田 達也 | 八代東高→1978南海2位 | |
| 福島 重男 | 八代東高→1981日本ハム6位 | |
| 野田 浩輔 | 八代東高→新日鉄君津→2000西武6位 | |
| 文 徳 （旧校名：熊本工大高） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 赤星 鉄治 | 熊本工大高→九州産交→1981南海2位 | |
| 末広 五大 | 熊本工大高→1995ロッテ6位 | |
| 河田 寿司 | 文徳高→三菱重工長崎→2005（大・社）楽天4巡目 | 1997 |
| 萩尾 匡也 | 文徳高→慶応大→2022巨人2位 | |
| 児玉 亮涼 | 文徳高→九州産業大→大阪ガス→2022西武6位 | |
| 東海大熊本星翔 （旧校名：東海大二） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 中野 英明 | 東海大二高→1975近鉄1位 | |
| 村上 良次 | 東海大二高→1977近鉄6位 | |
| 松岡 健一 | 東海大二高→九州東海大→2004ヤクルト自由枠 | |
| 百崎 蒼生 | 東海大相模高→東海大熊本星翔高→2023阪神4位 | 2023 |
| 必由館 （旧校名：熊本市立） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 馬原 孝浩 | 熊本市立高→九州共立大→2003ダイエー自由枠 | |
| 山中 浩史 | 必由館高→九州東海大→ホンダ熊本→2012ソフトバンク6位 | 2003 |
| 岩貞 祐太 | 必由館高→横浜商大→2013阪神1位 | |
| 田中 大輝 | 必由館高→国学院大→2014巨人4位 | |
| 城 北 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 町 豪将 | 城北高→ＪＲ九州→2004オリックス4巡目 | |
| 牧原 大成 | 城北高→2010（育成）ソフトバンク5位 | |
| 舟越 秀虎 | 城北高→2019（育成）ソフトバンク5位 | |
| 熊本二 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 山下 浩二 | 熊本二高→1973阪急2位 | |
| 野村 豊 | 熊本二高→1973広島5位 | |
| 岱 志 （荒尾と南関が統合） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 浜岡 浩幸 | 荒尾高→日立造船有明→1982阪神6位 | |
| 福島 敬光 | 荒尾高→1983巨人5位 | |
| 千原台 （旧校名：熊本市商） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 相木 崇 | 熊本市商高→福岡大→2000オリックス4位 | |
| 荒木 翔太 | 千原台高→2019（育成）ソフトバンク6位 | |
| 熊本商 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 江藤 省三 | 熊本商高→中京商高→慶応大→1965巨人3位 | |
| 熊 本 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 佐藤 元彦 | 熊本高→慶応大→サッポロビール→1965東京7位 | |
| 球磨工 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 垣村 勝美 | 球磨工高→1972巨人6位 | |
| 八代工 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 川本 智徳 | 八代工高→1977日本ハム4位 | |
| 人 吉 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 竹口 昭憲 | 人吉高→1977南海4位 | |
| 菊 地 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 坂口 千仙 | 菊地高→九州産大→1984南海6位 | |
| 多良木 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 野田 浩司 | 多良木高→九州産交→1987阪神1位 | |
| 芦 北 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 松永 幸男 | 芦北高→九州東海大→三菱重工長崎→1989中日3位 | |
| 熊本学園大付 （旧校名：熊本商大付） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 米村 和樹 | 熊本商大付高→1992阪神3位 | |
| 甲 佐 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 寺本 比呂文 | 甲佐高→川崎製鉄神戸→1994西武5位 | |
| 阿蘇中央 （阿蘇と阿蘇清峰が統合） | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 佐藤 和宏 | 阿蘇高→九州東海大→本田技研熊本→2001近鉄6巡目 | |
| 熊本国府 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 稲倉 大輝 | 熊本国府高→2011（育成）オリックス1位 | |
| ルーテル学院 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 中村 晨 | ルーテル学院高→2015（育成）ソフトバンク4位 | |
| 済々黌 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 大竹 耕太郎 | 済々黌高→早稲田大→2017（育成）ソフトバンク4位 | 2012 |
| 玉名工 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 荒西 祐大 | 玉名工高→ホンダ熊本→2018オリックス3位 | |
| 有 明 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 浅田 将汰 | 有明高→2019DeNA7位 | |